通过subprocess.Popen在python中执行R脚本

Question

当我在R中执行脚本时，它是：

$ R --vanilla --args test_matrix.csv < hierarchical_clustering.R > out.txt

在Python中，如果我使用它，它可以工作：

process = subprocess.call("R --vanilla --args "+output_filename+"_DM_Instances_R.csv < /home/kevin/AV-labels/Results/R/hierarchical_clustering.R > "+output_filename+"_out.txt", shell=True)

但是这种方法不提供process.wait()函数。

所以，我想使用subprocess.Popen ，我试过：

process = subprocess.Popen(['R', '--vanilla', '--args', "\'"+output_filename+"_DM_Instances_R.csv\'",  '<', '/home/kevin/AV-labels/Results/R/hierarchical_clustering.R'])

但它没有用，Python只是打开R但没有执行我的脚本。

Answer 1

而不是'R'，给它通往Rscript的路径。 我有同样的问题。 打开R但不执行我的脚本。 您需要调用Rscript（而不是R）来实际执行脚本。

retcode = subprocess.call("/Pathto/Rscript --vanilla /Pathto/test.R", shell=True)

这适合我。

干杯!

Answer 2

我已经把所有内容放入括号中解决了这个问题。

process = subprocess.Popen(["R --vanilla --args "+output_filename+"_DM_Instances_R.csv < /home/kevin/AV-labels/Results/R/hierarchical_clustering.R > "+output_filename+"_out.txt"], shell=True)
process.wait()

Answer 3

Keven的解决方案适合我的要求。 仅举几个关于@Kevin解决方案的例子。 您可以使用python样式的字符串将更多参数传递给rscript：

import subprocess

process = subprocess.Popen(["R --vanilla --args %s %d %.2f < /path/to/your/rscript/transformMatrixToSparseMatrix.R" % ("sparse", 11, 0.98) ], shell=True)
process.wait()

此外，为了使事情更容易，您可以创建一个R可执行文件。 为此，您只需在脚本的第一行添加：

#! /usr/bin/Rscript --vanilla --default-packages=utils

参考： 使用R作为Rscript或此链接 的脚本语言

Answer 4

你永远不会完全执行它^^尝试以下

process = subprocess.Popen(['R', '--vanilla', '--args', '\\%s_DM_Instances_R.csv\\' % output_filename, '<', '/home/kevin/AV-labels/Results/R/hierarchical_clustering.R'], stdout=subprocess.PIPE, stdin=subprocess.PIPE, shell=True) 
process.communicate()#[0] is stdout

Answer 5

一些想法：

1. 您可能需要考虑使用Rscript前端，这使得运行脚本更容易; 您可以直接将脚本文件名作为参数传递，而不需要通过标准输入读取脚本。
2. 您不需要shell只将标准输出重定向到文件，您可以直接使用subprocess.Popen执行此操作。

例：

import subprocess

output_name = 'something'
script_filename = 'hierarchical_clustering.R'
param_filename = '%s_DM_Instances_R.csv' % output_name
result_filename = '%s_out.txt' % output_name
with open(result_filename, 'wb') as result:
    process = subprocess.Popen(['Rscript', script_filename, param_filename],
                               stdout=result);
    process.wait()