在os x 10.6上安装rpy2时出错：无法执行gcc-4.0

Question

我正在尝试使用pip安装rpy2：

    $ sudo pip install rpy2

退出时出错：

    gcc-4.0 -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -arch ppc -arch i386 -g -O2 -DNDEBUG -g -O3 -DR_INTERFACE_PTRS=1 -DHAVE_POSIX_SIGJMP=1 -DCSTACK_DEFNS=1 -DRIF_HAS_RSIGHAND=1 -I./rpy/rinterface -I/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7 -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -I/opt/local/lib/R/include -c ./rpy/rinterface/_rinterface.c -o build/temp.macosx-10.3-fat-2.7/./rpy/rinterface/_rinterface.o

    unable to execute gcc-4.0: No such file or directory

    error: command 'gcc-4.0' failed with exit status 1

我曾尝试使用macports安装rpy2，但安装已完成，但rpy2无法导入。 我安装了XCode，版本4.0.2 Build 4A2002a，并安装了gcc。

    $ which gcc

收益：

    /usr/bin/gcc

和

    $ gcc

收益：

    i686-apple-darwin10-gcc-4.2.1: no input files

它似乎正在寻找旧版本的gcc，我不知道如何将它指向正确的位置。 任何帮助将不胜感激。

Answer 1

它似乎认为你正在使用OSX 10.3： build/temp.macosx-10.3 ，这可能是它试图寻找旧的gcc编译器的原因。

您应该能够使用CC环境覆盖编译器：

export CC=gcc 
pip install rpy2

我认为这是一个典型的distutils问题 。

Answer 2

如果它有帮助，我用sym链接解决了这个问题，我认为它对你有用。 我用我的gcc版本写了这个，这是4.2：

cd /usr/bin
rm cc gcc c++ g++
ln -s gcc-4.2 cc
ln -s gcc-4.2 gcc
ln -s c++-4.2 c++
ln -s g++-4.2 g++
ln -s gcc-4.2 gcc-4.0

你去吧！

Answer 3

一个想法会将gcc-4.0指向默认的gcc标志：

sudo ln -s / usr / bin / gcc /usr/bin/gcc-4.0

Answer 4

:: HACK警告::

这可能导致将来破坏其他东西，但是如果你不认为编译你的rpy2的gcc版本有所不同，你可以创建一个名为/usr/bin/gcc-4.0的符号链接指向/ usr / bin / gcc然后再次尝试pip安装