使用h5py对象作为实例变量来复制赋值行为

Question

我正在使用h5py访问HDF5文件并将h5py File对象存储在类中。 但是我试图用一个新的重新分配一个封闭的h5py文件实例变量时遇到一些奇怪的行为：

class MyClass:
    def __init__(self, filename):
        self.h5file = None
        self.filename = filename

    def vartest(self):
        self.h5file = h5py.File(self.filename, 'r')
        print self.h5file
        self.h5file.close()
        print self.h5file
        newh5file = h5py.File(self.filename, 'r')
        print newh5file
        self.h5file = newh5file
        print self.h5file
        print newh5file

def main():
    filename = sys.argv[1]
    mycls = MyClass(filename)
    mycls.vartest()

输出：

<HDF5 file "test.h5" (mode r, 92.7M)>
<Closed HDF5 file>
<HDF5 file "test.h5" (mode r, 92.7M)>
<Closed HDF5 file>
<Closed HDF5 file>

尝试使用新打开的h5py File对象更新实例变量似乎以某种方式影响了对象的状态，关闭它。 无论h5py方面的实现如何，我都没有看到这种行为对我的Python语言的理解是有意义的（即，没有赋值运算符的重载）。

此示例使用Python 2.6.5和h5py 1.3.0运行。 如果你想尝试这个例子，但没有HDF5文件，你只需将文件访问模式从'r'更改为'a'即可。

Answer 1

不确定这是否有帮助，但搜索源代码我发现这个（缩写）：

class HLObject(object):
    def __nonzero__(self):
        register_thread()
        return self.id.__nonzero__()

class Group(HLObject, _DictCompat):
    ...

class File(Group):
    def __repr__(self):
        register_thread()
        if not self:
            return "<Closed HDF5 file>"
        return '<HDF5 file "%s" (mode %s, %s)>' % \
            (os.path.basename(self.filename), self.mode,
             _extras.sizestring(self.fid.get_filesize()))

因为没有__str__方法， __repr__调用__repr__来产生输出， __repr__首先调用register_thread() ，然后检查self是否存活（更好地称为评估为True或False）。

然后Python搜索类，直到它找到__nonzero__ （再次调用register_thread() ），然后返回self.id.__nonzero__() ，这显然返回False。

所以，你是正确的，因为问题不在于名称绑定（赋值），而是为什么register_thread和/或self.id正在轰炸你，我不知道。

Answer 2

是的，这是h5py 1.3中的已知错误，当​​您使用HDF5 1.8.5或更高版本时会显示该错误。 它与1.8.5中标识符处理方式的变化有关。 您可以使用HDF5 1.8.4或更早版本或升级到h5py 2.0来修复它。