转换为argparse时，字符串索引超出范围

Question

我从optparse更改为argparse，但是当我尝试运行它时，我收到以下错误：

    if not option_string[0] in self.prefix_chars:
IndexError: string index out of range

我的代码是：

usage = "%prog -f <fasta TFs> -a <database all> -s <database small> -d <pfam database> [options]"
version = "1.0.1"
description = " "
epilog = " "\
         " "
parser = argparse.ArgumentParser(usage=usage, description=description,
                      version="%prog "+version, epilog=epilog)

# options for running the program
# TF file
parser.add_argument("-f", "",  dest="TF", metavar="<file>",
                        help="input file with transcription factors")
parser.set_defaults(fasta=None)

我无法找到此错误的来源，如何解决这个问题？

Answer 1

在argparse中，您无法将空参数字符串传递给add_argument。 argparse试图在您传递的空字符串（“”）中找到有效的prefix_char（例如“ - ”或“ - ”），从而导致错误。 试试这个：

parser.add_argument("-f",  dest="TF", metavar="<file>",
                    help="input file with transcription factors")

Answer 2

获取此错误的唯一方法是请求不存在的索引 - 在这种情况下， option_string必须为空。