如何在 Ubuntu 上安装 R 包“RNetCDF”和“ncdf”？

Question

我想在 Ubuntu 中使用 R 包 RNetCDF 和 ncdf。

当我尝试install.packages('RNetCDF')或install.packages('ncdf')时，出现类似的错误：

...
ncdf.c:3:20: fatal error: netcdf.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [ncdf.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘ncdf’
...
Warning message:
In install.packages("ncdf") :
  installation of package ‘ncdf’ had non-zero exit status

已安装 Ubuntu 存储库中的软件包libnetcdf6和netcdf-bin 。 我需要做其他事情吗？

Answer 1

您需要安装这些包的-dev以获取编译包所需的标头。 在这种情况下，您需要libnetcdf-dev 、 udunits-bin和libudunits2-dev

Answer 2

就我而言，需要 libudunits2-dev 包。

sudo apt-get install libudunits2-dev

由于我从源代码安装了 NetCDF，因此我必须手动指定lib和include文件夹的位置

install.packages("/home/user/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz", 
repos = NULL,
type="source",
dependencies=FALSE,
configure.args="--with-netcdf-include=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/include --with-netcdf-lib=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/lib")

Answer 3

只是为了澄清，因为你最初的问题是在 R 中，并且修复是在 R 之外应用的。我最初试图做

install.packages("libnetcdf-dev")，没有用。

相反，从 R 外部： sudo apt-get install libnetcdf-dev

这对我来说是固定的。

Answer 4

在 Ubuntu 20.04 LTS 中，可以使用 bash 命令sudo apt install r-cran-ncdf4安装 ncdf4 包（取代 ncdf ），包括所有依赖项。 同样，对于 RNetCDF，您可以使用sudo apt install r-cran-rnetcdf 。