LD_LIBRARY_PATH优先级和编译问题

Question

我试图在Linux机器上安装一些软件（python的rpy2包，特别是rpy2.robjects，如果重要的话）。 我需要软件在我的本地空间中查找它的共享库，而不是像/ usr / lib64这样的全局空间。 我没有这台机器的管理员权限。 我的问题是，即使我将LD_LIBRARY_PATH设置为指向我的本地空间，软件仍会转到/ usr / lib64 / whatever，它会找到过时的库。 这些库缺少它需要的一些对象，因此失败了。 什么可以优先于LD_LIBRARY_PATH，有没有办法改变/摆脱它？ 谢谢。

顺便说一下，这个网站上的某个人在一年或更久以前有类似的问题，但他的答案涉及env变量RPATH，并使用chrpath实用程序更改它。 我根本不清楚rpy2是否使用RPATH，并且chrpath似乎在我的系统上不可用。

附录：我尝试使用LD_DEBUG = libs运行。 有很多输出，看起来系统正在我的LD_LIBRARY_PATH中寻找lib并找到它们。 这是麻烦似乎开始的地方：

/usr/local/lib64/R/library/methods/libs/methods.so: error: symbol lookup error:
undefined symbol: Rf_allocS4Object (fatal)
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/usr/local/lib64/R/library/methods/libs/methods.so':
/usr/local/lib64/R/library/methods/libs/methods.so: undefined symbol: Rf_allocS4Object

所以我的猜测是，问题是DLLpath中的任何内容都会覆盖LD_LIBRARY_PATH。 我试图通过将我的目录添加到os.environ ['PATH']来改变这种情况，但是没有。 显然没有“DLLPATH”，因为我认为会有。

好吧，我猜这是进步。 有人还有别的吗？ 谢谢。

Answer 1

看一下名为$ R_HOME / etc / ldpaths的文件（在你的情况下，$ R_HOME似乎是/ usr / local / lib64 / R）。 这个文件中的命令在R的启动时设置LD_LIBRARY_PATH 。

我看起来像这样：

flodel@netbook-samsung-N150:~$ cat /usr/lib/R/etc/ldpaths 
: ${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre}
: ${R_JAVA_LD_LIBRARY_PATH=${JAVA_HOME}/lib/i386/client:${JAVA_HOME}/lib/i386:/usr/lib/jni}
if test -n ""; then
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:}
else
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib}
fi
if test -n "${R_JAVA_LD_LIBRARY_PATH}"; then
  R_LD_LIBRARY_PATH="${R_LD_LIBRARY_PATH}:${R_JAVA_LD_LIBRARY_PATH}"
fi
if test -z "${LD_LIBRARY_PATH}"; then
  LD_LIBRARY_PATH="${R_LD_LIBRARY_PATH}"
else
  LD_LIBRARY_PATH="${R_LD_LIBRARY_PATH}:${LD_LIBRARY_PATH}"
fi
export LD_LIBRARY_PATH

如果您没有该文件的写入权限，您仍然可以在启动R之前执行此操作：

export R_LD_LIBRARY_PATH=/your/custom/path

我在我的机器上测试了它在R启动后通过运行以下命令来工作：

Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
#[1] "/your/custom/path:/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/i386/client:/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/i386:/usr/lib/jni"

Answer 2

如果有人还在读这个，我参与了一些“人事工程”来解决问题，即让系统管理员重新安装R，以便它拥有我需要的一切。 他们当然很好。 非常感谢所有提出建议的人。 我想继续其中一些，但我必须忙于这个项目。 非常感谢！

Answer 3

RPATH仅在编译时有用（好吧，链接）; 它会影响到二进制文件中的库搜索路径。

尝试使用LD_DEBUG=libs运行，这将显示从哪些路径加载库。 它是否尝试从LD_LIBRARY_PATH加载但是失败，或者首先不在那里搜索（也许rpy2有自己的库路径机制？），还是其他什么？

Answer 4

尝试添加LD_LIBRARY_PATH左侧的目录，因为优先级从左到右。

export LD_LIBRARY_PATH=~/your/custom/path:$LD_LIBRARY_PATH