在Wampserver中运行BioPerl脚本

Question

我正在Windows上使用wampserver创建一个页面，并在本地工作。 我想访问数据库Ensemble以获得一些有用的信息，例如基因序列，而我遇到了以下问题：

我已经安装了ActivePerl和必需的API，并且我的bioperl脚本可以在命令提示符下完美运行。

就wampserver而言，我已经在Apache中修改了httpd.conf来运行perl脚本。 我可以通过wamp执行一个简单的perl脚本（例如hello world）。 （我将ID存储在www上并转到localhost / hello.pl）

当我想在wampserver中运行脚本以获取序列时（当然更复杂），我得到此错误：

install_driver（mysql）失败：无法在@INC中找到DBD / mysql.pm（@INC包含：C：/ wamp / bin / Perl / lib C：/ wamp / bin / Perl / site / lib。C：/ src （第8行）中的（/ ensembl / modules）。也许尚未完全安装DBD :: mysql perl模块，或者“ mysql”的大小写不正确。 可用的驱动程序：DBM，ExampleP，文件，Gofer，代理，海绵。 在C：/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm第1594行

在命令提示符窗口中，脚本将运行。 我如何管理它在wampserver中运行？

谢谢您的帮助

Answer 1

@INC数组包含Perl查找模块的所有路径。 当前，您的WAMP Perl会在以下地方查看：

C:/wamp/bin/Perl/lib
C:/wamp/bin/Perl/site/lib
.
C:/src/ensembl/modules

这些目录都不包含子目录DBD ，而该子目录又包含mysql.pm 。 （请与文件管理器确认）

您似乎已经在ActivePerl中安装了此模块。 尝试打印出该Perl的@INC 。 如果你是ActivePerl @INC包含不包含在你的WAMP的perl路径@INC （见上文），那么你应该修复使用你的ActivePerl模块。 例如

use lib 'C:/foo/bar/lib';

在 use DBD::mysql 。 它可能会解决问题。