计算DNA序列字符串中的核苷酸

Question

我已经编写了此函数，但该函数无法正常运行。 有什么想法吗？ 我知道问题在于char定义...

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    ''' (str, str) -> int

    Return the number of occurrences of nucleotide in the DNA sequence dna.

    >>> count_nucleotides('ATCGGC', 'G')
    2
    >>> count_nucleotides('ATCTA', 'G')
    0
    '''

    num_nucleodites=0

    for char in dna:
        if char is ('A'or'T'or'C'or'G'):
            num_nucleodites=num_nucleodites + 1      
    return num_nucleodites

Answer 1

那怎么办

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    return dna.count(nucleotide)

（请注意，就家庭作业而言，这可能不会奏效……）

Answer 2

根据您的评论之一，您似乎正在寻找一个以上核苷酸的重叠序列。 可以使用正则表达式来完成：

import re
def find_overlapping(needle, haystack):
    return len(re.findall("(?=" + needle + ")", haystack))

然后可以像这样使用它：

>>> find_overlapping("AGA", "AGAGAGAAGAGAG")
5

Answer 3

您编写的or条件与您的思维方式不符。应检查每个char ，然后使用or分隔它们，如下所示：-

if char is 'A' or char is 'T' ... so on:

但是，您可以使用in运算符使用更好的方法。

尝试这个： -

for char in dna:
        if char in 'ATCG':
            num_nucleodites=num_nucleodites + 1 

---

但是，由于您在question说过只想计算一个特定的元素，因此您无需检查所有4个字符。.这就是使用基本的for循环代码的样子：-

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    num_nucleotide = 0
    for char in dna:
        if char == nucleotide:
            num_nucleotide = num_nucletode + 1
    return num_nucleotide

要不就： -

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    return dna.count(nucleotide)

Answer 4

if char is ('A'or'T'or'C'or'G'):

那就是评估'A' or 'T'并返回'A'，然后检查char是否等于它-在Python REPL中尝试：

>>> ('A'or'T'or'C'or'G')
'A'

我认为您的意思是：

if char in ('A', 'T', 'C', 'G'):

Answer 5

string = "ATAGTTCATGTACCGTTGCAGGGGG"
print [(i,string.count(i)) for i in list("ACTG")]