[英]string alignment inspired by global DNA sequence allignment
我想做类似的事情:
library(Biostrings)
s1 <-DNAString("ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAGAAGACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAG")
s2 <-DNAString("GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC")
pairwiseAlignment(s1,s2)
但有这样的字符串:
x123 x4531 等
而不是 DNA 字母字符。 有谁知道 package 可以在 R 甚至 Python 中实现这一点。 谢谢!
Biopython 的Align
模块可以接受您选择的字母表,例如
>>> from Bio import Align
>>> aligner = Align.PairwiseAligner()
>>> aligner.mode = "global"
>>> aligner.alphabet
'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
>>> aligner.alphabet += "1234567890"
>>> alignments = aligner.align("X123Y", "B12XYXYXYX")
>>> print(alignments[0])
X-123-Y-----
--||--|-----
-B12-XYXYXYX
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