Python中的DNA序列比对，使模块更干净

Question

我正在编写一个程序，在其中输入一个短的DNA序列和一个长的DNA序列，它试图返回DNA序列的最佳对齐方式。 准则是，如果存在缺口，则减去10，如果存在匹配，则加1，如果存在不匹配，则减去1。我的程序的第一部分对对齐方式进行评分，该对齐方式以一致的方式递归工作删除长序列的第一个元素，然后对比对进行评分。 我的问题是我的except块非常丑陋。 有没有一种方法可以在我从原始x中连续删除元素之前对其进行回调？

lst=[]
def align_score(x,y):
    gap_score=(len(x)-len(y))*(-10)
    match_score=0
    mismatch_score=0
    ref=0
    try:
        for base in y:
            if y[ref]==x[ref]:
                match_score+=1
                ref+=1
            else:
                mismatch_score-=1
                ref+=1
        a=gap_score+match_score+mismatch_score
        lst.append(a)
        del(x[0])
        align_score(x,y)
    except:
        z=lst.index(max(lst))
        x='ACGTCCTTCATT'
        print x
        y='GTCTCATG'
        print "%s%s"%(" "*z, y)

x=list('ACGTCCTTCATT')
y=list('GTCTCATG')
align_score(x,y)

Answer 1

您可以通过两种方式轻松地执行此操作：

• 在函数中将变量x_orig = x和y_orig = y分配为第一行，然后在except块中调用x_orig和y_orig 。
• 使STRAND_X和STRAND_Y全局常量超出函数范围，以常量作为参数调用函数，在try块中操作局部变量x和y ，然后在except块中引用全局常量。