在IPython筆記本中使用rpy2？

Question

是否可以在IPython筆記本中使用rpy2（調用ggplot2），然后保存它們（和其他筆記本http://nbviewer.ipython.org/一樣在NBViewer上共享）？ 讓rpy2 ggplots出現在筆記本中和/或交互式是否有任何挑戰？ 如果有人能夠在IPython中使用rpy2提供示例會話及其在筆記本中制作ggplot2數字的輸出，將會很有幫助。

Answer 1

這是在沒有查看rmagic中的代碼的情況下編寫的。 他們有一個更聰明的方法（我有11行代碼）。

import uuid
from rpy2.robjects.packages import importr 
from IPython.core.display import Image

grdevices = importr('grDevices')
def ggplot_notebook(gg, width = 800, height = 600):
    fn = '{uuid}.png'.format(uuid = uuid.uuid4())
    grdevices.png(fn, width = width, height = height)
    gg.plot()
    grdevices.dev_off()
    return Image(filename=fn)

嘗試一下：

from rpy2.robjects.lib import ggplot2
from rpy2.robjects import Formula
datasets = importr('datasets')
mtcars = datasets.__rdata__.fetch('mtcars')['mtcars']
p = ggplot2.ggplot(mtcars) + \
    ggplot2.aes_string(x='mpg', y='cyl') + \
    ggplot2.geom_point() + \
    ggplot2.geom_smooth() + \
    ggplot2.facet_wrap(Formula('~ am'))

ggplot_notebook(p, height=300)

Answer 2

rmagic擴展可以使用rpy2。 你好像需要print()圖來顯示它。 這是一個示例會話： http ： //nbviewer.ipython.org/5029692

如果您希望直接使用rpy2，則必須可以。 看看ggplot2的rpy2文檔 。 要將它放入筆記本中，您可以繪制到PNG / SVG設備，然后從Python端讀取它（這就是rmagic所做的）。