在IPython笔记本中使用rpy2？

Question

是否可以在IPython笔记本中使用rpy2（调用ggplot2），然后保存它们（和其他笔记本http://nbviewer.ipython.org/一样在NBViewer上共享）？ 让rpy2 ggplots出现在笔记本中和/或交互式是否有任何挑战？ 如果有人能够在IPython中使用rpy2提供示例会话及其在笔记本中制作ggplot2数字的输出，将会很有帮助。

Answer 1

这是在没有查看rmagic中的代码的情况下编写的。 他们有一个更聪明的方法（我有11行代码）。

import uuid
from rpy2.robjects.packages import importr 
from IPython.core.display import Image

grdevices = importr('grDevices')
def ggplot_notebook(gg, width = 800, height = 600):
    fn = '{uuid}.png'.format(uuid = uuid.uuid4())
    grdevices.png(fn, width = width, height = height)
    gg.plot()
    grdevices.dev_off()
    return Image(filename=fn)

尝试一下：

from rpy2.robjects.lib import ggplot2
from rpy2.robjects import Formula
datasets = importr('datasets')
mtcars = datasets.__rdata__.fetch('mtcars')['mtcars']
p = ggplot2.ggplot(mtcars) + \
    ggplot2.aes_string(x='mpg', y='cyl') + \
    ggplot2.geom_point() + \
    ggplot2.geom_smooth() + \
    ggplot2.facet_wrap(Formula('~ am'))

ggplot_notebook(p, height=300)

Answer 2

rmagic扩展可以使用rpy2。 你好像需要print()图来显示它。 这是一个示例会话： http ： //nbviewer.ipython.org/5029692

如果您希望直接使用rpy2，则必须可以。 看看ggplot2的rpy2文档 。 要将它放入笔记本中，您可以绘制到PNG / SVG设备，然后从Python端读取它（这就是rmagic所做的）。