黃土函數通過Python中的rpy2 / R問題？

Question

我正在嘗試通過Python上的Rpy2在此數據文件上調用R函數loess ： http ://filebin.ca/azuz9Piv0z8/test.data

當我使用數據的子集（前1000個點）時，它起作用，但是當我嘗試使用整個文件時，出現錯誤。 我的代碼：

import pandas
from rpy2.robjects import r
import rpy2.robjects as robjects
data = pandas.read_table(os.path.expanduser("~/test2.data"), sep="\t").values
small_data = data[0:1000, :]
print "small data loess:"
a, b = robjects.FloatVector(list(small_data[:, 0])), \
       robjects.FloatVector(list(small_data[:, 1]))
df = robjects.DataFrame({"a": a, "b": b})
loess_fit = r.loess("b ~ a", data=df)
print loess_fit

print "large data loess:"
a, b = robjects.FloatVector(list(data[:, 0])), \
       robjects.FloatVector(list(data[:, 1]))
df = robjects.DataFrame({"a": a, "b": b})
loess_fit = r.loess("b ~ a", data=df)
print loess_fit

適合small_data起作用，但不適data 。 我得到錯誤：

Error in simpleLoess(y, x, w, span, degree, parametric, drop.square, normalize,  : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)
    loess_fit = r.loess("b ~ a", data=df)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2-2.3.3-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 86, in __call__
    return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2-2.3.3-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 35, in __call__
    res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in simpleLoess(y, x, w, span, degree, parametric, drop.square, normalize,  : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)

如何解決？ 我不確定R函數loess或Rpy2接口是否有問題？ 謝謝。

Answer 1

問題是數據中的-Inf值：

DF <- read.table('http://filebin.ca/azuz9Piv0z8/test.data')
DF[!is.finite(DF[,1]) | !is.finite(DF[,2]),]
#        V1   V2
# 5952 -Inf -Inf

Answer 2

當可以在Python中使用statsmodels軟件包進行最低程度的平滑處理時，為什么要調用R？

還有一個針對Lowess的Bio.Statistics程序包，但它似乎不那么准確，對於這個lowess的示例 ，我無法使它收斂。