R：沿着時間線計算每個像元中的皮爾遜相關系數

Question

我有兩組柵格，它們的范圍都相同。 我做了兩個堆棧：stacka和stackb。 我想計算沿時間軸的兩個堆棧之間的每個網格單元中的Pearson相關系數（ PCC ）。 我做了一個簡單的例子（原諒我創建柵格的愚蠢方法）

a1<-c(1,1,1,1,1,1,1,1,NA)
a2<-c(2,2,2,2,1,2,2,NA,2)
a3<-c(3,3,3,3,3,2,NA,3,3)
b1<-c(2,2,2,2,2,2,2,2,2)
b2<-c(3,3,3,3,3,3,3,3,3)
b3<-c(4,4,4,4,4,4,4,4,4)
matrixa1<-matrix(a1,3,3)
matrixa2<-matrix(a2,3,3)
matrixa3<-matrix(a3,3,3)
matrixb1<-matrix(b1,3,3)
matrixb2<-matrix(b2,3,3)
matrixb3<-matrix(b3,3,3)
rastera1<-raster(matrixa1)
rastera2<-raster(matrixa2)
rastera3<-raster(matrixa3)
rasterb1<-raster(matrixb1)
rasterb2<-raster(matrixb2)
rasterb3<-raster(matrixb3)
stacka<-stack(rastera1,rastera2,rastera3)
stackb<-stack(rasterb1,rasterb2,rasterb3)

a_bar<-calc(stacka,mean,na.rm=TRUE)
b_bar<-calc(stackb,mean,na.rm=TRUE)
numerator<-setValues(rastera1,0)
denominator1<-numerator
denominator2<-numerator
for(i in 1:noflayers){
  numerator<-numerator+(stacka[[i]]-a_bar)*(stackb[[i]]-b_bar)
  denominator1<-denominator1+(stacka[[i]]-a_bar)^2
  denominator2<-denominator2+(stackb[[i]]-b_bar)^2
}
pearsoncoeff<-numerator/sqrt(denominator1*denominator2)

最后，我有一個柵格，每個柵格像元都填充有PCC。 問題是，數據a是斷斷續續的，某些網格在某些層中是NA。 因此最終產品有一些空白。 我的算法在遇到NA時會吐出“ NA”。 我需要在計算中使用諸如na.rm=TRUE類的選項，因此輸出將計算具有值的月份。

我能想到的方法是使用is.na(stacka[[nlayers]][nrows,ncols]==FALSE並在stackb中找到對應的對，但這是基於單元的，這會花費大量的計算機時間。

Answer 1

我編輯了Paulo推薦的方法來處理計算中的NA，它似乎可以在一系列測試中快速運行，包括上面的數據集：

stack.correlation <- function(stack1, stack2, cor.method){
  # output template
  cor.map <- raster(stack1)
  # combine stacks
  T12 <- stack(stack1,stack2)
  rnlayers=nlayers(T12)
  # the function takes a vector, partitions it in half, then correlates
  # the two sections, returning the correlation coefficient. 
  stack.sequence.cor <- function(myvec,na.rm=T){
    myvecT1<-myvec[1:(length(myvec)/2)]
    myvecT2<-myvec[(length(myvec)/2+1):length(myvec)]
    return(cor(myvecT1,myvecT2, method =  cor.method, use="complete.obs"))
  }
  # apply the function above to each cell and write the correlation
  # coefficient to the output template. 
  cor.map <- stackApply(T12, indices = rep(1, rnlayers), 
                        fun = stack.sequence.cor, na.rm = FALSE)

  return(cor.map)
}
cor_r=stack.correlation(stacka, stackb, "pearson") 

Answer 2

一種更簡單的方法：

library(raster)
a1 <- raster(matrix(c(1,1,1,1,1,1,1,1,NA),3,3))
a2 <- raster(matrix(c(2,2,2,2,1,2,2,NA,2), 3, 3))
a3 <- raster(matrix(c(3,3,3,3,3,2,NA,3,3), 3, 3))
b1 <- raster(matrix(c(2,2,2,2,2,2,2,2,2), 3, 3))
b2 <- raster(matrix(c(3,3,3,3,3,3,3,3,3), 3, 3))
b3 <- raster(matrix(c(4,4,4,4,4,4,4,4,4), 3, 3))
sa <- stack(a1, a2, a3)
sb <- stack(b1, b2, b3)


funcal <- function(xy) {
    xy <- na.omit(matrix(xy, ncol=2))
    if (ncol(xy) < 2) {
        NA
    } else {
        cor(xy[, 1], xy[, 2])
    }
}

s <- stack(sa, sb)
calc(s, funcal)