在Amazon EC2上安裝numpy

Question

我在Amazon EC2服務器上安裝numpy時遇到問題。 我嘗試在虛擬環境中使用easy_install，pip，pip，使用python 2.7在另一個虛擬環境中進行pip ...

每次我嘗試，它都會失敗並出現錯誤： gcc: internal compiler error: Killed (program cc1) ，然后再下線我得到一堆python錯誤，我得到easy_install： ImportError: No module named numpy.distutils ，並使用pip我得到： UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xe2 in position 72: ordinal not in range(128) 。

EC2實例正在運行內核3.4.43-43.43.amzn1.x86_64。 有人解決了這個問題嗎？ Numpy對我來說一直很難安裝，但我通常可以搞清楚......在這一點上我並不關心它是否屬於它自己的virtualenv，我只想安裝它。

Answer 1

安裝Numpy的要求

• c編譯器（gcc）
• fortran編譯器（gfortran）
• python頭文件（2.4.x - 3.2.x）
• 強烈推薦BLAS或LAPACK

我編寫了一個腳本來安裝virtualenv和scikit-learn以及所有依賴項。 您可以跟進numpy安裝，這非常簡單。 我復制了下面的相關代碼。

sudo yum -y install gcc-c++ python27-devel atlas-sse3-devel lapack-devel
wget https://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.11.2.tar.gz
tar xzf virtualenv-1.11.2.tar.gz 
python27 virtualenv-1.11.2/virtualenv.py sk-learn
. sk-learn/bin/activate
pip install numpy

只需復制/粘貼，點擊輸入，（喝一杯咖啡），你就可以在EC2上使用virtualenv和numpy了。

如果要驗證numpy是否找到了優化的線性代數庫，請運行：

(sk-learn)[ec2-user@ip-10-99-17-223 ~]$ python -c "import numpy; numpy.show_config()"

如果您看到類似於以下內容的內容，那么您已經完成了設置。

atlas_threads_info:
    libraries = ['lapack', 'ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = f77
    include_dirs = ['/usr/include']
blas_opt_info:
    libraries = ['ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = c
    include_dirs = ['/usr/include']
atlas_blas_threads_info:
    libraries = ['ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = c
    include_dirs = ['/usr/include']
lapack_opt_info:
    libraries = ['lapack', 'ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = f77
    include_dirs = ['/usr/include']
lapack_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
blas_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
mkl_info:
  NOT AVAILABLE

有關更詳細的說明，請閱讀安裝-scikit-learn-on-amazon-ec2 。 我專門編寫了博客文章來記住安裝步驟，並有一個簡短的操作指南。 我嘗試使帖子和安裝腳本保持最新。

Answer 2

我最后只是通過yum安裝numpy， sudo yum install numpy 。 我想這是我現在能做的最好的事情。 當使用virtualenv並且我需要numpy時，我會告訴它使用站點包。

感謝@Robert的建議。

Answer 3

只是為了存檔。 如果您正在運行Ubuntu EC2並且您已經安裝了pip，那么您可以執行以下操作：

對於Python2：

pip install numpy --user

對於Python 3：

pip3 install numpy --user

關鍵是user這個詞。

Answer 4

您可以嘗試使用https://www.continuum.io中的Anaconda Python發行版，它使用conda Python版本和包管理器。 我發現這個發行版配置精良，便於科學計算工作。

我可以使用wget和他們的下載網頁上的linux下載鏈接下載並安裝到EC2實例中。 例如，對於Python 2：

$ wget https://3230d63b5fc54e62148e-c95ac804525aac4b6dba79b00b39d1d3.ssl.cf1.rackcdn.com/Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

...

$ chmod a + x Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

$ ./Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

...

$ source .bashrc

$ conda create --name myEnvName biopython

$ source激活myEnvName

$ python -c'import numpy; 打印（numpy.version.version）”

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