在Amazon EC2上安装numpy

Question

我在Amazon EC2服务器上安装numpy时遇到问题。 我尝试在虚拟环境中使用easy_install，pip，pip，使用python 2.7在另一个虚拟环境中进行pip ...

每次我尝试，它都会失败并出现错误： gcc: internal compiler error: Killed (program cc1) ，然后再下线我得到一堆python错误，我得到easy_install： ImportError: No module named numpy.distutils ，并使用pip我得到： UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xe2 in position 72: ordinal not in range(128) 。

EC2实例正在运行内核3.4.43-43.43.amzn1.x86_64。 有人解决了这个问题吗？ Numpy对我来说一直很难安装，但我通常可以搞清楚......在这一点上我并不关心它是否属于它自己的virtualenv，我只想安装它。

Answer 1

安装Numpy的要求

• c编译器（gcc）
• fortran编译器（gfortran）
• python头文件（2.4.x - 3.2.x）
• 强烈推荐BLAS或LAPACK

我编写了一个脚本来安装virtualenv和scikit-learn以及所有依赖项。 您可以跟进numpy安装，这非常简单。 我复制了下面的相关代码。

sudo yum -y install gcc-c++ python27-devel atlas-sse3-devel lapack-devel
wget https://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.11.2.tar.gz
tar xzf virtualenv-1.11.2.tar.gz 
python27 virtualenv-1.11.2/virtualenv.py sk-learn
. sk-learn/bin/activate
pip install numpy

只需复制/粘贴，点击输入，（喝一杯咖啡），你就可以在EC2上使用virtualenv和numpy了。

如果要验证numpy是否找到了优化的线性代数库，请运行：

(sk-learn)[ec2-user@ip-10-99-17-223 ~]$ python -c "import numpy; numpy.show_config()"

如果您看到类似于以下内容的内容，那么您已经完成了设置。

atlas_threads_info:
    libraries = ['lapack', 'ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = f77
    include_dirs = ['/usr/include']
blas_opt_info:
    libraries = ['ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = c
    include_dirs = ['/usr/include']
atlas_blas_threads_info:
    libraries = ['ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = c
    include_dirs = ['/usr/include']
lapack_opt_info:
    libraries = ['lapack', 'ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = f77
    include_dirs = ['/usr/include']
lapack_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
blas_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
mkl_info:
  NOT AVAILABLE

有关更详细的说明，请阅读安装-scikit-learn-on-amazon-ec2 。 我专门编写了博客文章来记住安装步骤，并有一个简短的操作指南。 我尝试使帖子和安装脚本保持最新。

Answer 2

我最后只是通过yum安装numpy， sudo yum install numpy 。 我想这是我现在能做的最好的事情。 当使用virtualenv并且我需要numpy时，我会告诉它使用站点包。

感谢@Robert的建议。

Answer 3

只是为了存档。 如果您正在运行Ubuntu EC2并且您已经安装了pip，那么您可以执行以下操作：

对于Python2：

pip install numpy --user

对于Python 3：

pip3 install numpy --user

关键是user这个词。

Answer 4

您可以尝试使用https://www.continuum.io中的Anaconda Python发行版，它使用conda Python版本和包管理器。 我发现这个发行版配置精良，便于科学计算工作。

我可以使用wget和他们的下载网页上的linux下载链接下载并安装到EC2实例中。 例如，对于Python 2：

$ wget https://3230d63b5fc54e62148e-c95ac804525aac4b6dba79b00b39d1d3.ssl.cf1.rackcdn.com/Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

...

$ chmod a + x Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

$ ./Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

...

$ source .bashrc

$ conda create --name myEnvName biopython

$ source激活myEnvName

$ python -c'import numpy; 打印（numpy.version.version）”

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