如何在R中為heatmap.2手動創建樹狀圖矩陣？

Question

這是由gplots::heatmap.2創建的我的熱圖的示例：

df<-data.frame(x1=rnorm(100),x2=rnorm(100,2,3),x3=rnorm(100,10,1),
           y1=rnorm(100,5,1),y2=rnorm(100,20,5),y3=rnorm(100,30,2))
cor<-cor(df)

require(gplots)
heatmap.2(cor,trace="none",col=bluered)#fig1
heatmap.2(cor,Rowv=F,Colv=F,dendrogram="none",trace="none",col=bluered)#fig2

我想在圖2中創建一個樹狀圖，其中X和Y都被手動分組在一起，這樣我就可以將相關圖與圖1中的關系圖進行比較，其中圖1是使用距離來計算的。 有人知道怎么做嗎？

Answer 1

您可以手動創建樹狀圖對象，但是對我來說，問題仍然不清楚，為什么在圖2中需要此信息。如果樹狀圖將所有x和y聚為單獨的組，則添加到圖2，樹狀圖的分​​支將彼此交叉，並使樹狀圖（使用實際的分支長度或高度）不可讀。 如果添加使用某些合適高度的樹狀圖，則樹狀圖的分​​支長度沒有意義（它們不對應於實際的相關系數），但是樹狀圖仍可以告訴樹的分支順序。

無論如何，這是從技術上講的解決方法（另請參見Aniko對類似問題的回答 ，有關詳細信息，請參見此處）。

一個使用“真實”的hclust對象（a）（我很快計算出它們，因此它們可能並不完全正確，請使用帶有平均鏈接的層次聚類算法進行檢查，如果需要的話）可以手動生成分支長度：

a<-list()
a$merge<-matrix(c(-1, -2,
                  -4, -5,
                  -3, 1,
                  -6, 2,
                  3, 4), ncol=2, byrow=TRUE)
a$height<-c(0.1, 0.12, 0.12, 0.045, 0.1)
a$order<-1:6
a$labels<-c("x1", "x2", "x3", "y1", "y2", "y3")
class(a)<-"hclust"

或者通過僅使用一些合適的分支長度甚至獲得樹狀圖：

b<-list()
b$merge<-matrix(c(-1, -2,
                  -4, -5,
                  -3, 1,
                  -6, 2,
                  3, 4), ncol=2, byrow=TRUE)
b$height<-c(0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.2)
b$order<-1:6
b$labels<-c("x1", "x2", "x3", "y1", "y2", "y3")
class(b)<-"hclust"

之后，最終圖可以生成為：

heatmap.2(cor,Rowv=as.dendrogram(a),Colv=as.dendrogram(a),trace="none",col=bluered)#fig2

要么：

heatmap.2(cor,Rowv=as.dendrogram(b),Colv=as.dendrogram(b),trace="none",col=bluered)#fig2