如何使用 R 獲得好的樹狀圖

Question

我正在使用 R 使用 Ward 的平方歐幾里德距離進行層次聚類分析。 我有一個 x 列（站）和 y 行（浮點數）的矩陣，第一行包含標題（站名）。 我想要一個很好的樹狀圖，其中車站的名稱出現在樹的底部，因為我無法解釋我的結果。 我的目標是找到那些相似的電台。 但是，使用以下代碼，我得到了較低分支的編號 (100,101,102,...)。

Yu<-read.table("yu_s.txt",header = T, dec=",")
library(cluster)
agn1 <- agnes(Yu, metric = "euclidean", method="ward", stand = TRUE)
hcd<-as.dendrogram(agn1)

par(mfrow=c(3,1))

plot(hcd, main="Main")
plot(cut(hcd, h=25)$upper, 
     main="Upper tree of cut at h=25")
plot(cut(hcd, h=25)$lower[[2]], 
     main="Second branch of lower tree with cut at h=25")

Answer 1

此處提供了大量示例（ http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.html ）

兩種方法：

來自基礎R hclust

hc<-hclust(dist(mtcars),method="ward")
plot(hc)

默認繪圖

繪圖

使用ggplot和ggdendro

library(ggplot2)
library(ggdendro)

# basic option
ggdendrogram(hc, rotate = TRUE, size = 4, theme_dendro = FALSE)