相交列表元素的所有可能組合

Question

我有一個向量列表：

> l <- list(A=c("one", "two", "three", "four"), B=c("one", "two"), C=c("two", "four", "five", "six"), D=c("six", "seven"))

> l
$A
[1] "one"   "two"   "three" "four"

$B
[1] "one" "two"

$C
[1] "two"  "four" "five" "six"

$D
[1] "six"   "seven"

我想計算列表元素的所有可能的成對組合之間的重疊長度 ，即（結果的格式無關緊要）：

AintB 2
AintC 2
AintD 0
BintC 1
BintD 0
CintD 1

---

我知道combn(x, 2)可以用來得到一個矢量中所有可能的成對組合的矩陣，那個length(intersect(a, b))會給我兩個向量重疊的長度，但我可以'想一想把兩件事放在一起的方法。

任何幫助深表感謝！ 謝謝。

Answer 1

如果我理解正確，你可以查看crossprod和stack ：

crossprod(table(stack(l)))
#    ind
# ind A B C D
#   A 4 2 2 0
#   B 2 2 1 0
#   C 2 1 4 1
#   D 0 0 1 2

---

如果您想要一個僅包含相關值的data.frame ，您可以擴展這個想法，如下所示：

1. 寫一個漂亮的功能

    listIntersect <- function(inList) { X <- crossprod(table(stack(inList))) X[lower.tri(X)] <- NA diag(X) <- NA out <- na.omit(data.frame(as.table(X))) out[order(out$ind), ] } 

2. 應用它

    listIntersect(l) # ind ind.1 Freq # 5 AB 2 # 9 AC 2 # 13 AD 0 # 10 BC 1 # 14 BD 0 # 15 CD 1 

---

表現看起來相當不錯。

展開list ：

L <- unlist(replicate(100, l, FALSE), recursive=FALSE)
names(L) <- make.unique(names(L))

設置一些功能來測試：

fun1 <- function(l) listIntersect(l)
fun2 <- function(l) apply( combn( l , 2 ) , 2 , function(x) length( intersect( unlist( x[1]) , unlist(x[2]) ) ) )
fun3 <- function(l) {
  m1 <- combn(names(l),2)
  val <- sapply(split(m1, col(m1)),function(x) {x1 <- l[[x[1]]]; x2 <- l[[x[2]]]; length(intersect(x1, x2))})
  Ind <- apply(m1,2,paste,collapse="int")
  data.frame(Ind, val, stringsAsFactors=F) 
}

查看時間：

system.time(F1 <- fun1(L))
#    user  system elapsed 
#    0.33    0.00    0.33
system.time(F2 <- fun2(L))
#    user  system elapsed 
#    4.32    0.00    4.31 
system.time(F3 <- fun3(L))
#    user  system elapsed 
#    6.33    0.00    6.33 

每個人似乎都對結果進行了不同的排序，但數字匹配：

table(F1$Freq)
# 
#     0     1     2     4 
# 20000 20000 29900  9900 
table(F2)
# F2
#     0     1     2     4 
# 20000 20000 29900  9900 
table(F3$val)
# 
#     0     1     2     4 
# 20000 20000 29900  9900 

Answer 2

combn可以與列表結構一起使用，你只需要對結果進行一些unlist ，即可使用intersect ...

# Get the combinations of names of list elements
nms <- combn( names(l) , 2 , FUN = paste0 , collapse = "" , simplify = FALSE )

# Make the combinations of list elements
ll <- combn( l , 2 , simplify = FALSE )

# Intersect the list elements
out <- lapply( ll , function(x) length( intersect( x[[1]] , x[[2]] ) ) )

# Output with names
setNames( out , nms )
#$AB
#[1] 2

#$AC
#[1] 2

#$AD
#[1] 0

#$BC
#[1] 1

#$BD
#[1] 0

#$CD
#[1] 1

Answer 3

嘗試：

m1 <- combn(names(l),2)
val <- sapply(split(m1, col(m1)),function(x) {x1 <- l[[x[1]]]; x2 <- l[[x[2]]]; length(intersect(x1, x2))})
Ind <- apply(m1,2,paste,collapse="int")
data.frame(Ind, val, stringsAsFactors=F)   
#      Ind val
# 1 AntB   2
# 2 AntC   2
# 3 AntD   0
# 4 BntC   1
# 5 BntD   0
# 6 CntD   1