如何在SLURM和Makefile中使用sbatch？

Question

我正在嘗試向SLURM提交批處理作業，但我一直在獲取JobState=FAILED Reason=NonZeroExitCode 。 我可以在常規g ++上編譯並運行代碼，但是我必須使用SLURM進行學校作業。 我以為我可以正常運行它們，並且從根源得到了一個討厭的語法，告訴我退出登錄節點上的運行腳本。 任何幫助，將不勝感激。 這是我的批處理文件和我的Makefile：

#!/bin/bash
#SBATCH -N1 -n1 --mem-per-cpu=100m -t00:05:00
echo "#SBATCH -N1 -n1 --mem-per-cpu=100m -t00:05:00 --qos=test"
cd /home/<username>/AFS/cse_430/Project1/Parallel/
module load gcc/4.9.1
make clean
make all
echo "Running single threaded code..."
./run "SeqCA(57;4,10).txt"
echo "Done experiment. Check log.txt"

生成文件：

EXEC=run    # name of executable is run
CC=g++      # compile with g++
CFLAGS=-std=c++11 -fopenmp -c -Wall 

all: $(EXEC)

$(EXEC): main.o threeSeq.o fourSeq.o fiveSeq.o
    $(CC) -fopenmp -o $(EXEC) main.o threeSeq.o fourSeq.o fiveSeq.o 

main.o: main.cpp
    $(CC) $(CFLAGS) main.cpp

threeSeq.o: threeSeq.cpp threeSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) threeSeq.cpp

fourSeq.o: fourSeq.cpp fourSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) fourSeq.cpp

fiveSeq.o: fiveSeq.cpp fiveSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) fiveSeq.cpp

clean: 
    rm -f *.o
    rm -f $(EXEC)
    rm -f *log.txt

Answer 1

您應該使用以下命令提交工作：sbatch jobscript.sh

還要檢查Slurm的輸出文件，以檢查作業執行中的錯誤。 缺省情況下，slurm將stdout和err存儲在slurm-.out文件中