如何在SLURM和Makefile中使用sbatch？

Question

我正在尝试向SLURM提交批处理作业，但我一直在获取JobState=FAILED Reason=NonZeroExitCode 。 我可以在常规g ++上编译并运行代码，但是我必须使用SLURM进行学校作业。 我以为我可以正常运行它们，并且从根源得到了一个讨厌的语法，告诉我退出登录节点上的运行脚本。 任何帮助，将不胜感激。 这是我的批处理文件和我的Makefile：

#!/bin/bash
#SBATCH -N1 -n1 --mem-per-cpu=100m -t00:05:00
echo "#SBATCH -N1 -n1 --mem-per-cpu=100m -t00:05:00 --qos=test"
cd /home/<username>/AFS/cse_430/Project1/Parallel/
module load gcc/4.9.1
make clean
make all
echo "Running single threaded code..."
./run "SeqCA(57;4,10).txt"
echo "Done experiment. Check log.txt"

生成文件：

EXEC=run    # name of executable is run
CC=g++      # compile with g++
CFLAGS=-std=c++11 -fopenmp -c -Wall 

all: $(EXEC)

$(EXEC): main.o threeSeq.o fourSeq.o fiveSeq.o
    $(CC) -fopenmp -o $(EXEC) main.o threeSeq.o fourSeq.o fiveSeq.o 

main.o: main.cpp
    $(CC) $(CFLAGS) main.cpp

threeSeq.o: threeSeq.cpp threeSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) threeSeq.cpp

fourSeq.o: fourSeq.cpp fourSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) fourSeq.cpp

fiveSeq.o: fiveSeq.cpp fiveSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) fiveSeq.cpp

clean: 
    rm -f *.o
    rm -f $(EXEC)
    rm -f *log.txt

Answer 1

您应该使用以下命令提交工作：sbatch jobscript.sh

还要检查Slurm的输出文件，以检查作业执行中的错误。 缺省情况下，slurm将stdout和err存储在slurm-.out文件中