試圖從大mcmc.list中提取內存已用盡

Question

我在嘗試從大mcmc.list提取單個變量時mcmc.list ：

> x <- outRJ$mcmc[,'avail_int']
Error: cannot allocate vector of size 146.8 Mb

outRJ$mcmc mcmc.list很大，實際上為442 MB（包含3個鏈的數據，例如960個變量，每20000次迭代）：

> object.size(outRJ$mcmc)/1024/1024
[1] 442.5508 #

但是單個變量應該只有234 kB！ 但是提取它似乎需要更多的內存！

Answer 1

我認為這應該工作：

 x <- as.mcmc.list(lapply(outRJ$mcmc, function(x) return(x[,'avail_int',drop=FALSE])))

馬特

Answer 2

當前的子設置代碼（在[.mcmc.list函數中）正在對列表的每個元素進行復制，然后再進行子設置。 我已經修改了Coda開發版中的代碼。 同時，Matt的變通辦法應該這樣做，因為它還避免了冗余副本。