將SQLite文件導入R

Question

我正在嘗試將文件導入回包含四個不同表的r中。 我基本上對上一個問題執行了該解決方案，並設法建立了連接。 但是，我只想使用sql文件中的表之一，而不是將sql中的所有表加載到R中，所以我執行以下操作：

library(DBI)
library(SQLite)
con <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), dbname = "diffs.sqlite")
tables <- dbListTables(con)
mzDiff <- dbGetQuery(conn = con, statement = paste("SELECT * FROM mzdiff", sep = ",")

但是，我收到此錯誤消息：

Error in .Call(rsqlite_query_fetch, res@Id, nrec = as.integer(n)) : 
  negative length vectors are not allowed

我不知道mzdiff表中包含的數據最初是從R導出到sqlite的，因此應該不會出現內存問題，但是從外觀上看，這是我目前遇到的問題試圖將數據從sql取回R。關於我能做什么/如果做錯了什么的任何想法？

另外，我可以在sqlite中做我需要做的事情，但是我對此並不熟悉。 我打算這樣做（將mzdiff替換為data）將數據存儲在R中：-

bin <- seq(min(data[, 1]), max(data[, 1]), by = 0.001)
binnedData <- tapply(data[, 1], cut(data[, 1], breaks = bin), median)

是否可以像在R中那樣在SQL中對數據進行裝箱？

謝謝

Answer 1

因此，我可以通過簡單地設置數據子集來解決該問題（即處理一小部分數據而不是整個數據本身）。 這很簡單，但是處理問題的方法更長