Scipy ValueError：新數組的總大小必須保持不變

Question

我目前正在使用Scipy 0.7.2和Numpy 1.4.1。 我的Python版本是2.6.6。 我編寫了一個簡單的代碼來從.mtx文件中讀取一個.mtx稀疏矩陣，如下所示：

data = scipy.io.mmread('matrix.mtx')

在運行代碼時，我收到以下錯誤：

Traceback (most recent call last):                                    
  File "read_mat.py", line 31, in <>
    data = scipy.io.mmread('matrix.mtx')                                                                                         
  File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/scipy/io/mmio.py", line 52, in mmread                         
    return MMFile().read(source)                                                                                        
  File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/scipy/io/mmio.py", line 273, in read                          
    return self._parse_body(stream)                                                                                     
  File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/scipy/io/mmio.py", line 417, in _parse_body                   
    flat_data = flat_data.reshape(-1,3)                                                                                 
ValueError: total size of new array must be unchanged  

我查了SO一些問題，發現它可能是一些特定版本的問題，然而，根據這個 ，它已被定格在我的版本。 誰能告訴我我能在這做什么？ 提前致謝！

編輯 ：我嘗試打開一個不同的文件，它被閱讀。 所以，我想這個問題與我的文件有關。 我正在粘貼以下兩個文件的前幾行：

打開的文件：

%%MatrixMarket matrix coordinate integer general
%
1466983 1466983 655955608
1 1 3448
1 2 824
1 3 1492
1 4 132
1 5 426

無法打開的文件：

%%MatrixMarket matrix coordinate integer general
%
11162 11162 233925
1 2 1
1 3 1
1 4 1
1 16 1
1 19 1

Answer 1

回溯的最后幾行表明可能存在的問題：數據文件被讀取為平坦（1D）數組，然后scipy嘗試將數組重新整形為（n，3）數組，該數組失敗。 這意味着平面數組的大小不是三的倍數（如果你試圖重塑np.ones(4).reshape(-1, 3)你會得到相同的錯誤。

平面數組不是三個數組的事實意味着在一行的某個地方，一個數字缺失。 那個，或者一行（或多行）在某種程度上是畸形的。 它可能只是截止的最后一行，很容易檢查。

如果你在* nix上，你可以使用awk來檢查：

awk '{ print NF }' matrix.mtx | grep -v 3

應該顯示沒有由空格分隔的3列的行。

您也可以使用awk刪除壞行：

awk '(NF == 3 || NR < 3) { print $0 }' matrix.mtx > goodmatrix.mtx