如何從Ensembl中檢索基因在染色體上的起始值和終止值

Question

假設我有一個名為“Tlr6”的基因（見下圖），我想知道如何在RI中檢索染色體上基因的起始值和終止值？ 例如，在圖片中，起始值為64952031，結束值為64960097。

圖片的URL在這里 。 這里的基因名稱是Tlr6 ，Ensembl ID是ENSMUSG00000051498 。 我可以使用這些信息將起始值和結束值讀入R嗎？

Answer 1

您可以使用Bioconductor的biomaRt包來執行此操作：

#skip this if the package is already installed
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("biomaRt")

library(biomaRt)
#select the ensembl mouse dataset
ensembl <- useMart("ensembl", dataset="mmusculus_gene_ensembl")


getBM(attributes=c("ensembl_gene_id","start_position","end_position"),
  filters="ensembl_gene_id",values = "ENSMUSG00000051498",mart=ensembl)

關於包的更多信息這里 。

Answer 2

你是這個意思嗎？

> Tlr6 <- "64.952.031-64.960.097"
> c(gsub("\\.", "", substr(Tlr6, 1, 10)), gsub("\\.", "", substr(Tlr6, 12, 21)))
[1] "64952031" "64960097"

或者您是否在詢問如何從網頁中獲取初始值？