使用 Biomart hsapiens_gene_ensembl 數據集時的錯誤消息。 有誰知道怎么解決？

Question

這是我用來嘗試連接到 hsapiens 數據集的代碼：

 > mart <- biomaRt::useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
 +                          dataset = "hsapiens_gene_ensembl",
 +                          host = "www.ensembl.org")

這是出現在控制台中的錯誤消息：

 Error in useDataset(mart = mart, dataset = dataset, verbose = verbose) : 
 The given dataset:  
 hsapiens_gene_ensembl , is not valid.  
 Correct dataset  names can be obtained with the listDatasets function.

我很困惑為什么我會收到這個錯誤，因為它說這個數據集是一個無效的數據集，但我檢查了它確實是有效的。

Answer 1

您需要使用host = "http://www.ensembl.org"參數：

mart <- biomaRt::useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
                         dataset = "hsapiens_gene_ensembl",
                         host = "http://www.ensembl.org")

str(mart)
#     Formal class 'Mart' [package "biomaRt"] with 8 slots
#   ..@ biomart   : chr "ENSEMBL_MART_ENSEMBL"
#   ..@ host      : chr "http://www.ensembl.org:80/biomart/martservice"
#   ..@ vschema   : chr "default"
#   ..@ version   : chr(0) 
#   ..@ dataset   : chr "hsapiens_gene_ensembl"
# ...