如何使用lapply和biomart更改兩個變量

Question

我已經用lapply和biomart來提取3種不同物種的同系物。 我還需要提取所有同源物的目標ID，並且希望也對目標ID使用lapply，以使我的代碼更高效。 我到目前為止的代碼如下：

加載Biomart：

library(biomaRt)

設置物種向量

species <- c("hsapiens", "mmusculus", "ggallus")

連接所有物種的合奏

ensembl_hsapiens <- useMart("ensembl", 
                            dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
ensembl_mmusculus <- useMart("ensembl", 
                         dataset = "mmusculus_gene_ensembl")
ensembl_ggallus <- useMart("ensembl",
                           dataset = "ggallus_gene_ensembl")  

獲取人類基因

hsapien_PC_genes <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name"), 
                          filters = "biotype", 
                          values = "protein_coding", 
                          mart = ensembl_hsapiens)

ensembl_gene_ID <- hsapien_PC_genes$ensembl_gene_id

獲取同系物，但排除人類，因為已經使用物種[2：9]對其進行了檢索

all_homologues <- list()



all_homologues <- lapply(species[2:9], function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                                   "external_gene_name", 
                                                                   paste0(s, c("_homolog_ensembl_gene",
                                                                               "_homolog_associated_gene_name"))),
                                                    filters = "ensembl_gene_id",
                                                    values = c(ensembl_gene_ID),
                                                    mart = ensembl_hsapiens))

這是我遇到問題的地方，我不知道如何為每個物種子集ensembl_gene_id並使用lapply來運行它。 到目前為止，我嘗試過的是：

target_id <- list()

target_id <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                             "external_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_associated_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_perc_id"), 
                              filters = "ensembl_gene_id", 
                              values = c(all_homologues[[]][["ensembl_gene_id"]]), 
                              mart = get(paste0("ensembl_", s))))

我可以使其正常工作，如下所示：

target_id[["mmusculus"]] <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                             "external_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_associated_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_perc_id"), 
                              filters = "ensembl_gene_id", 
                              values = c(all_homologues[["mmusculus"]]$ensembl_gene_id), 
                              mart = ensembl_mmusulus)

target_id[["ggallus"]] <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                 "external_gene_name", 
                                                 "hsapiens_homolog_associated_gene_name", 
                                                 "hsapiens_homolog_perc_id"), 
                                  filters = "ensembl_gene_id", 
                                  values = c(all_homologues[["ggallus"]]$ensembl_gene_id), 
                                  mart = ensembl_ggallus)

但這不如讓r為我自動更改物種有效

Answer 1

我找到了解決方案：

target_id <- lapply(species[-1], function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                             "external_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_associated_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_perc_id"), 
                              filters = "ensembl_gene_id", 
                              values = all_homologues[[paste0(s)]][paste0(s, "_homolog_ensembl_gene")], 
                              mart = ensembl[[paste0(s)]]))