[英]How can I convert gene names (hgnc_symbol) to Ensemble IDs in R? “bioconductor-biomaRt”
我有一個基因列表作為我的eset的行名,我想將它們轉換為Ensembl基因ID。 我在bioMart軟件包中使用了getGene,但是對於某些基因它兩次使用了相同的名稱! 這是我的代碼的一個小例子:
library (biomaRt)
rownames(eset)
[1] "EPC1" "MYO3A" "PARD3" "ATRNL1" "GDF2" "IL10RA" "GAD2" "CCDC6"
getGene(rownames(eset),type='hgnc_symbol',mart)[c(1,9)]
# [1] is the hgnc_symbol to recheck the matched data
# [9] is the ensemble_gene_id
hgnc_symbol ensembl_gene_id
1 ATRNL1 ENSG00000107518
2 CCDC6 ENSG00000108091
3 EPC1 ENSG00000120616
4 GAD2 ENSG00000136750
5 GDF2 ENSG00000263761
6 IL10RA ENSG00000110324
7 IL10RA LRG_151
8 MYO3A ENSG00000095777
9 PARD3 ENSG00000148498
如您所見,hgnc_symbol列中有兩個“ IL10RA”條目; 但行名(eset)中只有一個“ IL10RA”; 當我想將Ensembl_ID添加到fData(eset)時,這最終會導致問題! 我怎么解決這個問題? 得到這樣的結果:
hgnc_symbol ensembl_gene_id
1 ATRNL1 ENSG00000107518
2 CCDC6 ENSG00000108091
3 EPC1 ENSG00000120616
4 GAD2 ENSG00000136750
5 GDF2 ENSG00000263761
6 IL10RA ENSG00000110324
7 MYO3A ENSG00000095777
8 PARD3 ENSG00000148498
提前致謝,
我在eset中找到了!duplicated的解決方案。 像這樣:
g_All <- getGene(id = rownames(eset)),type='hgnc_symbol',mart)
g_All <- g_All[!duplicated(g_All[,1]),]
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