使用matplotlib的2d密度輪廓圖

Question

我正在嘗試以簡單的方式繪制我的數據集x和y （通過numpy.genfromtxt('/Users/.../somedata.csv', delimiter=',', unpack=True)從csv文件生成numpy.genfromtxt('/Users/.../somedata.csv', delimiter=',', unpack=True) ）密度圖。 為了確保這是自包含的，我將在這里定義它們：

x = [ 0.2933215   0.2336305   0.2898058   0.2563835   0.1539951   0.1790058
  0.1957057   0.5048573   0.3302402   0.2896122   0.4154893   0.4948401
  0.4688092   0.4404935   0.2901995   0.3793949   0.6343423   0.6786809
  0.5126349   0.4326627   0.2318232   0.538646    0.1351541   0.2044524
  0.3063099   0.2760263   0.1577156   0.2980986   0.2507897   0.1445099
  0.2279241   0.4229934   0.1657194   0.321832    0.2290785   0.2676585
  0.2478505   0.3810182   0.2535708   0.157562    0.1618909   0.2194217
  0.1888698   0.2614876   0.1894155   0.4802076   0.1059326   0.3837571
  0.3609228   0.2827142   0.2705508   0.6498625   0.2392224   0.1541462
  0.4540277   0.1624592   0.160438    0.109423    0.146836    0.4896905
  0.2052707   0.2668798   0.2506224   0.5041728   0.201774    0.14907
  0.21835     0.1609169   0.1609169   0.205676    0.4500787   0.2504743
  0.1906289   0.3447547   0.1223678   0.112275    0.2269951   0.1616036
  0.1532181   0.1940938   0.1457424   0.1094261   0.1636615   0.1622345
  0.705272    0.3158471   0.1416916   0.1290324   0.3139713   0.2422002
  0.1593835   0.08493619  0.08358301  0.09691083  0.2580497   0.1805554 ]

y = [ 1.395807  1.31553   1.333902  1.253527  1.292779  1.10401   1.42933
  1.525589  1.274508  1.16183   1.403394  1.588711  1.346775  1.606438
  1.296017  1.767366  1.460237  1.401834  1.172348  1.341594  1.3845
  1.479691  1.484053  1.468544  1.405156  1.653604  1.648146  1.417261
  1.311939  1.200763  1.647532  1.610222  1.355913  1.538724  1.319192
  1.265142  1.494068  1.268721  1.411822  1.580606  1.622305  1.40986
  1.529142  1.33644   1.37585   1.589704  1.563133  1.753167  1.382264
  1.771445  1.425574  1.374936  1.147079  1.626975  1.351203  1.356176
  1.534271  1.405485  1.266821  1.647927  1.28254   1.529214  1.586097
  1.357731  1.530607  1.307063  1.432288  1.525117  1.525117  1.510123
  1.653006  1.37388   1.247077  1.752948  1.396821  1.578571  1.546904
  1.483029  1.441626  1.750374  1.498266  1.571477  1.659957  1.640285
  1.599326  1.743292  1.225557  1.664379  1.787492  1.364079  1.53362
  1.294213  1.831521  1.19443   1.726312  1.84324 ]

現在，我進行了很多嘗試，使用以下方法繪制輪廓：

delta = 0.025
OII_OIII_sAGN_sorted = numpy.arange(numpy.min(OII_OIII_sAGN), numpy.max(OII_OIII_sAGN), delta)
Dn4000_sAGN_sorted = numpy.arange(numpy.min(Dn4000_sAGN), numpy.max(Dn4000_sAGN), delta)
OII_OIII_sAGN_X, Dn4000_sAGN_Y = np.meshgrid(OII_OIII_sAGN_sorted, Dn4000_sAGN_sorted)

Z1 = matplotlib.mlab.bivariate_normal(OII_OIII_sAGN_X, Dn4000_sAGN_Y, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0)
Z2 = matplotlib.mlab.bivariate_normal(OII_OIII_sAGN_X, Dn4000_sAGN_Y, 0.5, 1.5, 1, 1)
# difference of Gaussians
Z = 0.2 * (Z2 - Z1)
pyplot_middle.contour(OII_OIII_sAGN_X, Dn4000_sAGN_Y, Z, 12, colors='k')

這似乎沒有提供所需的輸出。我也嘗試過：

H, xedges, yedges = np.histogram2d(OII_OIII_sAGN,Dn4000_sAGN)
extent = [xedges[0],xedges[-1],yedges[0],yedges[-1]]
ax.contour(H, extent=extent)

也不像我想要的那樣工作。 本質上，我正在尋找類似的東西：

如果有人可以幫助我，我將不勝感激，可以通過建議一種全新的方法或修改我現有的代碼來實現。 如果您有一些有用的技巧或想法，也請附上輸出圖像。

Answer 1

直方圖2d似乎需要花些時間才能在正確的位置繪制輪廓。 我對直方圖矩陣進行了轉置，還對了xedge和yedge中元素的平均值，而不是僅僅從末尾刪除一個元素。

from matplotlib import pyplot as plt
import numpy as np
fig = plt.figure()
h, xedges, yedges = np.histogram2d(x, y, bins=9)
xbins = xedges[:-1] + (xedges[1] - xedges[0]) / 2
ybins = yedges[:-1] + (yedges[1] - yedges[0]) / 2

h = h.T
CS = plt.contour(xbins, ybins, h)
plt.scatter(x, y)
plt.show()

Answer 2

seaborn可以直接使用密度圖seaborn ：

import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt

sns.kdeplot(x, y)
plt.show()