如何從Python 3.4.2控制ImageJ

Question

我正在嘗試使用Python 3.4.2來控制ImageJ

我想做的是從python代碼開始，我想向imageJ發送命令以分析一些圖像，檢測邊緣，對比度，噪點等，這里有一個類似的問題如何將ImageJ連接到python？ 但沒有答案，例如“安裝此程序，並使用此命令控制“查找邊緣”按鈕”

我不知道該怎么辦，有人可以幫我嗎

我找到了這個鏈接和這個鏈接 ，他們說可以通過使用“ import ij”來實現，但是沒有我可以使用或安裝的ij庫。

ImageJ 網站也指出“如何從軟件中調用ImageJ？” “如果您的軟件是用另一種語言（如C或Python）編寫的，則有很多方法可以集成Java功能。您必須選擇最適合您的特定要求的Java。” 但沒有細節

這個Google網頁說，通過“ py4ij”，我可以使用python“ Py4IJ-用於ImageJ的Python-插件和IDE允許Python和Jython訪問ImageJ”來控制imagej。

但我不確定如何運行，幫助

作為Imagej的替代品，是斐濟，但我不確定python是否可以控制它，還是我必須使用Fiji和斐濟教程

我的最后一個選擇是使用OpenCV進行圖像處理，但實際上我需要使用ImageJ或Fiji，因此OpenCV不是有效的答案

謝謝

編輯

根據第一個答案，它建議編寫一個CellProfiler的RunImageJ模塊，但是我的問題是我是否必須安裝CellProfiler？ 從這里開始 ，遵循此處和此處的示例並運行模塊

或者我應該遵循此鏈接中的原生Python想法

無論如何，第一個答案鏈接談論的是Jython，但我不能使用Jython，它的最新版本基於python2.7，而我使用的是3.4，並且jython 3.x尚無開發

救命

Answer 1

最近在新的ImageJ論壇上討論了Python與ImageJ的集成。 請參閱Python腳本編制線程。

雖然它專注於調用本機代碼包裝的Python模塊，例如從ImageJ調用NumPy，但某些解決方案也解決了反向問題（從Python調用ImageJ），尤其是CellProfiler的RunImageJ模塊。 如此處所討論的，一個專門的程序員可以從那里開始，並為社區的利益擁護一個更通用的解決方案。

通常，此問題在Python頁面的ImageJ Wiki上進行了討論，尤其是關於局限性的部分 。