無法計算馬哈拉諾比斯距離

Question

import numpy as np
from scipy.spatial import distance

d1 = np.random.randint(0, 255, size=(50))*0.9
d2 = np.random.randint(0, 255, size=(50))*0.7

vi = np.linalg.inv(np.cov(d1,d2, rowvar=0))   
res = distance.mahalanobis(d1,d2,vi)

print res

ValueError：形狀（50，）和（2,2）不對齊：50（dim 0）！= 2（dim 0）

Answer 1

馬氏距離參考D x D協方差矩陣來計算兩個D維向量之間的距離，從某種意義上說，該矩陣“定義了計算距離的空間”。 矩陣編碼在計算距離時應如何加權各種坐標組合。

看來您已經為您的點計算了2x2樣本協方差，這不是在馬哈拉諾比斯距離中使用的正確類型的協方差矩陣。

如果你不已經有一個良好的理由的50x50協方差矩陣定義你的馬氏指標，馬氏距離可能是不適合你的應用程序的正確選擇。 沒有更多細節，很難給出更好的建議。

Answer 2

如jakevdp的答案所述，協方差逆矩陣必須為DxD維，其中D為向量中元素的數量。 因此，您的代碼應為：

import numpy as np
from scipy.spatial import distance

d1 = np.random.randint(0, 255, size=(50))*0.9
d2 = np.random.randint(0, 255, size=(50))*0.7
m =zip(d1, d2)
v = np.cov(m)
try:
    vi = np.linalg.inv(v)
except:
    vi = np.linalg.pinv(v) #just in case the produced matrix cannot be inverted

res = distance.mahalanobis(d1,d2,vi)

print res