使用ggplot在R中正確顯示置信區間

Question

我正在嘗試繪制一個圖表，以表示按年齡類別分組的不同葯物的不同不良反應的2個測量值（prr和ebgm），如下所示：

library(ggplot2)
strata <- factor(c("Neonates", "Infants", "Children", "Adolescents", "Pediatrics"), levels=c("Neonates", "Infants", "Children", "Adolescents", "Pediatrics"), order=T)
Data  <- data.frame(
                strata = sample(strata, 200, replace=T),
                drug=sample(c("ibuprofen", "clarithromycin", "fluticasone"), 200, replace=T), #20 de medicamente
                reaction=sample(c("Liver Injury", "Sepsis", "Acute renal failure", "Anaphylaxis"), 200, replace=T),
                measurement=sample(c("prr", "EBGM"), 200, replace=T),
                value_measurement=sample(runif(16), 200, replace=T),
                lower_CI=sample(runif(6), 200, replace=T),
                upper_CI=sample(runif(5), 200, replace=T)
                )

g <- ggplot(Data, aes(x=strata, y=value_measurement, fill=measurement, group=measurement))+
    geom_histogram(stat="identity", position="dodge")+
    facet_wrap(~reaction)+
    geom_errorbar(aes(x=strata, ymax=upper_CI, ymin=lower_CI), position="dodge", stat="identity")

ggsave(file="meh.png", plot=g)

CI的上限和下限是測量的置信區間限制。 假設我對每個測量都有一個置信區間，我希望適當的直方圖具有相應的置信區間，但是得到的是s。

圖形：

有什么想法如何正確放置那些令人討厭的conf間隔嗎？ 謝謝！

稍后編輯：在給定葯物的原始數據中，我有很多行，每行包含不良反應，年齡類別，並且這些類別中的每一個都有2個度量值：prr或EBGM以及相應的置信區間。 這沒有反映在數據模擬中。

Answer 1

問題在於您的每個柱形圖實際上都是多個相互重疊的柱形圖，因為對於reaction ， strata和measurement每種組合，您都有多於一行的數據。 （由於相同的原因，您將獲得多個錯誤條。）

您可以在下面的代碼中看到這一點，在這里我將geom_histogram更改為geom_bar並添加了alpha=0.3和colour="grey40"來顯示多個重疊的條。 我也注釋掉了錯誤欄。

ggplot(Data, aes(x=strata, y=value_measurement, fill=measurement, group=measurement)) +
  geom_bar(stat="identity", position="dodge", alpha=0.3, colour="grey40") +
  facet_wrap(~reaction) #+
#   geom_errorbar(aes(x=strata, ymax=upper_CI, ymin=lower_CI), 
#                 position="dodge", stat="identity")

您可以通過在數據中添加另一列來解決此問題，該列會添加分組類別，您可以通過這些類別來分隔這些欄。 例如，在下面的代碼中，我們添加了一個名為count的新列，該列僅為每個reaction和strata組合中的每一行數據分配數字1到n。 我們按measurement排序，以便將每種度量類型按count順序保持在一起。

library(dplyr) 

Data = Data %>% group_by(reaction, strata) %>%
  arrange(measurement) %>%
  mutate(count = 1:n()) 

現在繪制數據：

ggplot(Data, aes(x=strata, y=value_measurement, 
                 fill=measurement, group=count)) +
  geom_bar(stat="identity", position=position_dodge(0.7), width=0.6) +
  facet_wrap(~reaction, ncol=1) +
  geom_errorbar(aes(x=strata, ymax=upper_CI, ymin=lower_CI, group=count), 
                position=position_dodge(0.7), stat="identity", width=0.3)

現在，您可以看到單獨的條以及它們的錯誤條（這很奇怪，但這僅是因為它們是偽數據）。