[英]Using split in python to iterate through columns
我正在嘗試在python中使用split來遍歷列,但是在嘗試訪問列時出現錯誤,即特定列表索引超出范圍。
這是我的文件的樣子:
chr1 15585711 . A T 45.7081 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0; NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0; TYPE=snp GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0:0:3:78:-7.28,-0.90309,0
這是我的代碼:
target = open('file', 'r')
for line in target:
line = line.split('\t')
print line[1]
當我打印行時,它看起來像一個列表,而line[0]
確實訪問了chr1
,這是第一列。 但是,當我嘗試訪問其他列時,我無法。
源未使用標簽。 只需使用:
line = line.split()
我剛剛使用您提供的數據創建了一個文本文件,並且能夠毫無問題地對其進行拆分。 我建議with open
一起使用with open
它會在完成后為您關閉文件:
with open('test', 'rb') as target:
for line in target:
print line.split()[1]
輸出:
15585711
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