[英]Cython numpy array with Openmp (No GIL)
我不確定以前是否已解決此問題,我嘗試搜索但未找到我一直在尋找的東西。 我想使以下代碼正常工作(文件名為some_CD.pyx)
import numpy as np
cimport numpy as np
cimport cython
from cython.parallel import *
ctypedef np.float64_t DTYPE
cdef DTYPE evaluate_objective(np.ndarray[DTYPE, ndim=2] A,np.ndarray[DTYPE, ndim=1] b,np.ndarray[DTYPE, ndim=1] x):
return x.dot(A.dot(x) - b.dot(x))
cpdef DTYPE coordinate_descent(np.ndarray[DTYPE, ndim=2] A,np.ndarray[DTYPE, ndim=1] b,int nDim, int nIter ):
cdef int i, iter
cdef np.ndarray[DTYPE,
ndim=1] x = \
np.zeros(nDim, )
cdef DTYPE temp
for iter in prange(nIter,nogil=True):
i = (iter%nDim)
temp = (b[i]-( A[:,i].dot(x)*x[i] ) + (A[i,i]*x[i]*x[i]))/A[i,i]
x[i] = np.max([0,np.min([temp,1])])
return evaluate_objective(A,b,x)
我的setup.py如下所示
from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy
ext_modules = [
Extension(
"some_CD",
["some_CD.pyx"],
extra_compile_args=['-fopenmp'],
extra_link_args=['-fopenmp'],
)
]
setup(
name='some_parallel',
ext_modules=cythonize(ext_modules),
include_dirs=[numpy.get_include()]
)
我不確定這段代碼中有很多東西。 首先,我是否以正確的方式使用numpy數組? 是否在prange中使用float64,np.int類型的變量?
該循環是並行算法,因此無法並行化。 換句話說,以后的迭代取決於前面的迭代的結果。
忽略此問題,這是更改代碼的方法。
如果沒有GIL,則只能使用基本索引(不進行切片)和少量的Cython特有的Python函數(主要是此處列出的Python函數)。 因此,您只需要使prange
的主體更簡單明了即可。
for iter in prange(nIter, nogil=True):
i = iter % nDim
Ai_dot_x = 0
for j in range(x.shape[0]):
Ai_dot_x += A[j,i] * x[j]
temp = (b[i] - Ai_dot_x*x[i] + A[i,i]*x[i]*x[i]) / A[i,i]
x[i] = max(0, min(temp, 1))
Ai_dot_x
是您必須cdef
的附加臨時變量。
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