混合模型中的因子/水平誤差

Question

我在類似於此數據的某事上運行混合模型：

df<-data.frame(stage=c("a","a","a","a","b","b","b","b","c","c","c","c"),
nematode=c("fn","fn","bn","bn","fn","fn","bn","bn","fn","fn","bn","bn"),
id2=c(1,2,3,4,1,2,3,4,1,2,3,4),
value=c(1,0,0,2,3,1,1,2,0,0,0,2))

我要擬合的模型是：

stage.id <- function(x) round(summary(glmer(value ~ stage + (1 | id2),family="poisson", data = x))$coefficients[2, c(1, 2, 4)], 3)
models.id0  <- ddply(tree2, .(stage, nematode), stage.id)

但是，運行此命令時，我不斷收到錯誤消息：

contrasts<-誤差contrasts<- （ *tmp* ，value = contr.funs [1 + isOF [nn]]）：對比只能應用於具有2個或更多水平的因子

鑒於我對每個因子（df $ stage和df $ nematode）都使用了nlevels（）命令，它們分別為3和2，這對我來說沒有意義。 任何感覺可能會出錯嗎？

Answer 1

您已經將stage作為模型中的固定效果，但是您正在嘗試針對stage和nematode每種組合（ ddply(tree2, .(stage, nematode), ...) ）擬合模型。 因此，在數據的每個塊中，只有一個stage值，這會導致錯誤。

你可以：

• 僅應用於nematode值，即ddply(tree2,.(nematode), ...)
• 將stage移出模型，即擬合模型value ~ 1 + (1 | id2)

根據您的評論（“我的目標是比較每種線蟲的階段。也就是說，對於每種線蟲（例如bn ），階段都不同”），您想要前一種解決方案（僅適用於nematode值）。