如何使用Python繪制所有峰值

Question

我使用peakutils Python包來檢測我的數據中的峰值（ estimated.csv的第二列 - 在這里找到（點擊鏈接）。

這是我找到峰值的代碼：

#/usr/bin/python -tt

import pandas as pd
import peakutils

estimated_data = pd.read_csv("estimated.csv", header=None)
col2 = estimated_data[:][1] # Second column data
print(col2[:]) # Print all the rows
index = peakutils.indexes(col2, thres=0.4, min_dist=1000)
print(index) 

峰值檢測工作完全正常。 我想在下面的教程中繪制所有檢測到的峰。

https://plot.ly/python/peak-finding/

但似乎plotly似乎並不是脫機工作。 使用像matplotlib這樣的Python包有不同的方法嗎？

Answer 1

用matplotlib繪制峰可以通過使用帶標記的圖來完成。 數據由peakutils函數中的索引索引。

import pandas as pd
import peakutils
import matplotlib.pyplot as plt

estimated_data = pd.read_csv("data/estimated.csv", header=None)
col1 = estimated_data[:][0] # First column data
col2 = estimated_data[:][1] # Second column data

index = peakutils.indexes(col2, thres=0.4, min_dist=1000)

plt.plot(col1,col2, lw=0.4, alpha=0.4 )
plt.plot(col1[index],col2[index], marker="o", ls="", ms=3 )

plt.show()

為了用一條線連接峰（如評論中所要求的那樣），on就會省略ls="" ，

plt.plot(col1[index],col2[index], marker="o", ms=3 )