如何在Gephi中存儲用於可視化的networkx圖？

Question

我正在使用Python中的Networkx模塊進行pagerank算法。 我有一個列表字典，其中字典的鍵是頁面的標題，其值是通過該頁面引用的所有標題。

所以為了創建可視化，我首先這樣做：

G = nx.DiGraph()
G = nx.from_dict_of_lists(ref_dict)

其中ref_dict是上面提到的字典。

創建圖形后，我使用Networkx的write_edgelist函數以csv格式存儲Graph。

nx.write_edgelist(subG,'PageRanks2.csv')

這就是我的問題所在。 csv文件將邊緣存儲為：

node1 node2 {} node1 node3 {}

當我在Gephi中直接使用此文件時，它將{}視為節點並相​​應地顯示可視化。 那么什么應該是存儲networkx圖形以使其可視化的最佳格式？

Answer 1

使用write_gexf函數，如：nx.write_gexf（G，“test.gexf”），並使用Gephi打開文件，然后你會在getphi中看到它。

參考https://networkx.github.io/documentation/networkx-1.10/reference/generated/networkx.readwrite.gexf.write_gexf.html#write-gexf

Answer 2

您可以指定data參數告訴networkx不要添加{} ：

nx.write_edgelist(subG,'PageRanks2.csv', data=False)

networkx和gephy支持其他格式（例如GraphML），如果您的數據具有與之關聯的屬性，則可以完成更復雜的數據可視化任務。