如何在hdf5表中存儲空值？

Question

我想在 hdf5 文件中存儲空值。

h5file = tables.open_file("demo.h5", mode="w", title="demo")
group  = h5file.create_group('/', 'depth','Dept Data information')
table = h5file.create_table(group, 'readout', depthdata , "depth data")
row_data = table.row
for i in range(len(record['local_timestamp'])):
        if record['bbno1'][i] is '':
            row_data['bbno1']  = NaN 
        else:
            row_data['bbno1'] = record['bbno1'][i]

我使用了這些代碼，但它不起作用。 我使用了 NaN 和 NULL 但它不起作用。

Answer 1

HDF5 的類型模型中沒有 NULL（它不是關系數據庫）。 通常，如果數據集已擴展但未寫入，您將獲得填充值，該值的默認值為零，但會針對特定的 HDF5 類型進行解釋。

如果您想在 HDF5 數據中存儲具有“壞”或“不存在”語義的值，則必須提出自己的特殊值並自行檢查。 或者，如果您無法確定特殊值，您可以創建一個額外的數據集（或復合類型中的字段）來指示數據值是否有效。

Answer 2

如果您可以使用“table”格式存儲 hdf5 表，那么您可以使用 pandas 的to_hdf方法（使用 pytables）存儲一個 numpy nan：

import numpy as np
import pandas as pd

df = pd.DataFrame([{'foo': np.nan}])
df.to_hdf('out.h5', key='bar', format='table', index=False, data_columns=df.columns.to_list())

不過，數據類型必須是浮點數。