如何在hdf5表中存储空值？

Question

我想在 hdf5 文件中存储空值。

h5file = tables.open_file("demo.h5", mode="w", title="demo")
group  = h5file.create_group('/', 'depth','Dept Data information')
table = h5file.create_table(group, 'readout', depthdata , "depth data")
row_data = table.row
for i in range(len(record['local_timestamp'])):
        if record['bbno1'][i] is '':
            row_data['bbno1']  = NaN 
        else:
            row_data['bbno1'] = record['bbno1'][i]

我使用了这些代码，但它不起作用。 我使用了 NaN 和 NULL 但它不起作用。

Answer 1

HDF5 的类型模型中没有 NULL（它不是关系数据库）。 通常，如果数据集已扩展但未写入，您将获得填充值，该值的默认值为零，但会针对特定的 HDF5 类型进行解释。

如果您想在 HDF5 数据中存储具有“坏”或“不存在”语义的值，则必须提出自己的特殊值并自行检查。 或者，如果您无法确定特殊值，您可以创建一个额外的数据集（或复合类型中的字段）来指示数据值是否有效。

Answer 2

如果您可以使用“table”格式存储 hdf5 表，那么您可以使用 pandas 的to_hdf方法（使用 pytables）存储一个 numpy nan：

import numpy as np
import pandas as pd

df = pd.DataFrame([{'foo': np.nan}])
df.to_hdf('out.h5', key='bar', format='table', index=False, data_columns=df.columns.to_list())

不过，数据类型必须是浮点数。