如何在 Bokeh 中顯示 TIFF 圖像？

Question

我可以將 TIFF 圖像作為 NumPy 數組加載到 memory 中，其中每個像素由一個 3 元素 RGB 向量表示：

from PIL import Image
import numpy as np
arr=np.array(Image.open(imgfn))

例如，上面的 arr 可能具有形狀 (2469,2858,3)。

按照Bokeh 文檔，在 Bokeh 中，像素是根據顏色 map 解釋的一維數字。

如何將 map 我的 3D RGB TIFF 數組轉換為一維散景顏色圖索引數組，我應該使用什么顏色圖？

這篇文章建議我應該寫一個叫做 RGBAColorMapper 的東西。 我怎么做？

還有一個叫做image_rgba的東西，它是一個 4D 像素，我如何將 3D 像素轉換為 4D 以使用它？

基本上我正在尋找與 MatPlotLib imshow 相同的功能。

Answer 1

您可以使用PIL軟件包將tiff圖像轉換為rgba。 然后使用image_rgba可以很容易地進行繪制。 按照此處發布的SO回答，從http://www-eng-x.llnl.gov/documents/tests/tiff.html下載了tiff文件。

import numpy

from PIL import Image
from bokeh.plotting import figure, show

im = Image.open('a_image.tif')
im = im.convert("RGBA")
# uncomment to compare
#im.show()
imarray = numpy.array(im)

p = figure(x_range=(0,10), y_range=(0,1), width=1000, height=200)

p.image_rgba(image=[imarray], x=0, y=0, dw=10, dh=1)

show(p)

Answer 2

我不確定以前的解決方案是否有效，tiff 不再存在，所以我無法對其進行測試。 無論如何，對於任何其他圖像，請執行以下操作：

from PIL import Image
import numpy as np 
from bokeh.plotting import figure, output_notebook, show

output_notebook()

#load image
im = Image.open('Segment_image.png') # just replace any image that you want here
imarray = np.array(im.convert("RGBA"))

p = figure()
plotted_image = p.image_rgba(image=[imarray.view("uint32").reshape(imarray.shape[:2])], x=0, y=0, dw=imarray.shape[0], dh=imarray.shape[1])
show(p)