如何在 Bokeh 中显示 TIFF 图像？

Question

我可以将 TIFF 图像作为 NumPy 数组加载到 memory 中，其中每个像素由一个 3 元素 RGB 向量表示：

from PIL import Image
import numpy as np
arr=np.array(Image.open(imgfn))

例如，上面的 arr 可能具有形状 (2469,2858,3)。

按照Bokeh 文档，在 Bokeh 中，像素是根据颜色 map 解释的一维数字。

如何将 map 我的 3D RGB TIFF 数组转换为一维散景颜色图索引数组，我应该使用什么颜色图？

这篇文章建议我应该写一个叫做 RGBAColorMapper 的东西。 我怎么做？

还有一个叫做image_rgba的东西，它是一个 4D 像素，我如何将 3D 像素转换为 4D 以使用它？

基本上我正在寻找与 MatPlotLib imshow 相同的功能。

Answer 1

您可以使用PIL软件包将tiff图像转换为rgba。 然后使用image_rgba可以很容易地进行绘制。 按照此处发布的SO回答，从http://www-eng-x.llnl.gov/documents/tests/tiff.html下载了tiff文件。

import numpy

from PIL import Image
from bokeh.plotting import figure, show

im = Image.open('a_image.tif')
im = im.convert("RGBA")
# uncomment to compare
#im.show()
imarray = numpy.array(im)

p = figure(x_range=(0,10), y_range=(0,1), width=1000, height=200)

p.image_rgba(image=[imarray], x=0, y=0, dw=10, dh=1)

show(p)

Answer 2

我不确定以前的解决方案是否有效，tiff 不再存在，所以我无法对其进行测试。 无论如何，对于任何其他图像，请执行以下操作：

from PIL import Image
import numpy as np 
from bokeh.plotting import figure, output_notebook, show

output_notebook()

#load image
im = Image.open('Segment_image.png') # just replace any image that you want here
imarray = np.array(im.convert("RGBA"))

p = figure()
plotted_image = p.image_rgba(image=[imarray.view("uint32").reshape(imarray.shape[:2])], x=0, y=0, dw=imarray.shape[0], dh=imarray.shape[1])
show(p)