Python樹狀圖必須有ak使得（k \\ choose 2）= n）

Question

我試圖在Python中制作樹狀圖，以獲取某些數據的中值，然后讓我計算中值之間的歐幾里得距離。 我的某些數據最終變為負值，因此我必須獲取絕對值並抵消所有中位數。

如果我只有3個值進行比較，這似乎很好用，但是由於某種原因，如果我有4個或5個值，它給我一個錯誤，“必須是ak使得（k \\ choose 2）= n）”，但是如果我有6個值，僅給出最后4個值的樹狀圖。

我正在使用Python 3.7.1，有人知道是否存在某種錯誤嗎？ 原因我無法理解我的代碼適用於3個值，不適用於4或5個值，並且如果我有6個值，則給出最后4個值的樹狀圖。

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy.cluster.hierarchy as shc

#Calculate the median values of each group & make an array
a=10
b=-2
c=5
d=2.1
data = np.array([a,b,c,d])

#Find the lowest value because you can't make a dendrogram with a negative number
low = np.min(data)

#Offset data by the absolute of the lowest value +1, cause a 0 value won't work on a dendrogram
offset = abs(low) + 1
offset_array = []

# v = value, add offset to all values & save as an array
for v in data:
    offset_array.append(v+offset)

#Make an array of the offset values to calculate distances
cluster = np.array(offset_array)

# Labels for each value
#headings = ['a', 'b', 'c', 'd']

df = np.array(cluster)

#Size of figure (x, y)
plt.figure(figsize=(5, 5))
ax = plt.subplot()
#Change x axis range as required
dt = 0.01
ax.semilogx(dt, np.exp(dt))
plt.title('Gram positive distance')
plt.xlabel('Euclidean distance')

dend = shc.dendrogram(shc.linkage(df, metric='euclidean'),
                      orientation='left', leaf_font_size=8, labels=headings)

Answer 1

我認為問題在於鏈接功能。 對於鏈接功能：“可以將n個維度上m個觀察向量的集合作為m x n數組傳遞。”

因此，我通過重塑df數組制作了一個新的測試變量：

測試= df.reshape（len（df），1）

然后將此新變量傳遞到樹狀圖函數中：

dend = shc.dendrogram（shc.linkage（test，metric ='euclidean'），direction ='left'，leaf_font_size = 8，labels = heading）