將aictab（）用於lmer和glmer模型

Question

我正在嘗試使用aictab()輸出進行AICc模型選擇。 此發布類似（ 調用aictab時未定義函數 ），但不適用於我的問題，因為它使用的是glm.nb模型，而我使用的是lmer模型，也使用的是glmer(family=binomial) 。 aictab文檔（ https://www.rdocumentation.org/packages/AICcmodavg/versions/2.2-1/topics/aictab ）說該函數可以處理lm ， lme和glm模型：是否包括lmer和glmer嗎？

我的代碼實際上在幾天前就工作了，但是最近壞了，並返回了此錯誤代碼

aictab.default（）中的錯誤：尚未為此對象類定義函數

m1 <- lmer(y ~ x + (1|z), data=df)
m2 <- lmer(y ~ w + (1|z), data=df)
m3 <- lmer(y ~ v + (1|z), data=df)
cand.set <- list(m1, m2, m3)
names <- list("x", "w", "v")
aictab(cand.set, modnames=names, second.ord=TRUE, nobs=NULL, sort=TRUE)

Answer 1

tl; dr加載了lmerTest軟件包，因此模型具有不同的類，這使aictab()感到困惑。 您可以確保在擬合模型時加載了lme4而不是 lmerTest ，或者使用bbmle::AICctab() ，它似乎更健壯。 （有關此問題，可能值得聯系AICcmodavg的軟件包維護者...）

用lme4設置：

library(lme4)
library(AICcmodavg)

ss <- transform(sleepstudy, junk1=rnorm(nrow(sleepstudy)),
                junk2=rnorm(nrow(sleepstudy)))
m1 <- lmer(Reaction ~ Days + (1|Subject), data=ss, REML=FALSE)
m2 <- update(m1, . ~ . - Days + junk1)
m3 <- update(m1, . ~ . - Days + junk2)
cand.set <- list(m1, m2, m3)
names <- c("Days", "junk1", "junk2")  ## this should be a vector, not a list ...

這工作正常：

aictab(cand.set, modnames=names, second.ord=TRUE, nobs=NULL, sort=TRUE)
##       K    AICc Delta_AICc AICcWt Cum.Wt      LL
## Days  4 1802.31       0.00      1      1 -897.04
## junk2 4 1918.47     116.16      0      1 -955.12
## junk1 4 1918.71     116.40      0      1 -955.24

現在，加載lmerTest並重新調整模型（我們可以執行例如m1 <- as(m1, "lmerModLmerTest")但是重新調整很容易）。

library(lmerTest)
m1 <- lmer(Reaction ~ Days + (1|Subject), data=ss, REML=FALSE)
m2 <- update(m1, . ~ . - Days + junk1)
m3 <- update(m1, . ~ . - Days + junk2)
cand.set <- list(m1, m2, m3)
aictab(cand.set, modnames=names, second.ord=TRUE, nobs=NULL, sort=TRUE)

aictab.default中的錯誤（cand.set，modnames =名稱，second.ord = TRUE ，：尚未為此對象類定義函數

bbmle::AICctab()函數更加健壯，因為它僅依賴於為類定義的logLik方法（默認情況下，它僅提供具有delta-AIC和df的表）

library(bbmle)
AICctab(m1, m2, m3, mnames=names, base=TRUE, weights=TRUE, logLik=TRUE)
##       logLik AICc   dLogLik dAICc  df weight
## Days  -897.0 1802.3   58.2     0.0 4  1     
## junk2 -955.1 1918.5    0.1   116.2 4  <0.001
## junk1 -955.2 1918.7    0.0   116.4 4  <0.001