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[英]Using 2-sided log-rank test for the data (burn) from KMsurv package
[英]Stratified log-rank test in R for counting process form data?
背景 :在半年的隨訪時間(4年)中,患者可能會改用其他葯物治療組。 為了解決這個問題,我將生存數據轉換為計數過程形式。 我想比較葯物組A,B和C的生存曲線。我正在使用擴展的Cox模型,但想對每個危險函數進行成對比較或進行分層對數秩檢驗。 我認為pairwise_survdiff
由於我的數據形式而引發錯誤。
示例數據 :
x<-data.frame(tstart=rep(seq(0,18,6),3),tstop=rep(seq(6,24,6),3), rx = rep(c("A","B","C"),4), death=c(rep(0,11),1))
x
問題 :
在survival
包中使用survdiff
時,
survdiff(Surv(tstart,tstop,death) ~ rx, data = x)
我得到錯誤:
Error in survdiff(Surv(tstart, tstop, death) ~ rx, data = x) :
Right censored data only
我認為這源於計數過程,因為我找不到在線的示例來比較生存曲線隨時間變化的協變量。
問題 :有快速解決此問題的方法嗎? 或者,是否有一個具有相同通用性的替代套件/功能,可以比較生存曲線,即使用不同的方法? 如何在計數過程表單數據時使用survidff
實施分層對數等級測試?
注意 :這在survminer軟件包中被標記為已知問題,請參見github問題,但是更新survminer不能解決我的問題,並且使用一個時間間隔,tstop-tstart並不正確,因為那樣會留下例如在6個月內多次輸入,而不是超出實際風險間隔。
因此,這是一個使用multcomp
軟件包擬合模型並進行多次比較的示例。 注意,這隱含地假設治療AC的施用是隨機的。 根據有關過程的假設,可能更適合在治療和結果之間進行轉換的多狀態模型。
library(purrr)
library(dplyr)
#>
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#>
#> filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#>
#> intersect, setdiff, setequal, union
library(survival)
library(multcomp)
#> Loading required package: mvtnorm
#> Loading required package: TH.data
#> Loading required package: MASS
#>
#> Attaching package: 'MASS'
#> The following object is masked from 'package:dplyr':
#>
#> select
#>
#> Attaching package: 'TH.data'
#> The following object is masked from 'package:MASS':
#>
#> geyser
# simulate survival data
set.seed(123)
n <- 200
df <- data.frame(
id = rep(1:n, each = 8),
start = rep(seq(0, 42, by = 6), times = 8),
stop = rep(seq(6, 48, by = 6), times = 8),
rx = sample(LETTERS[1:3], n * 8, replace = T))
df$hazard <- exp(-3.5 -1 * (df$rx == "A") + .5 * (df$rx == "B") +
.5 * (df$rx == "C"))
df_surv <- data.frame(id = 1:n)
df_surv$time <- split(df, f = df$id) %>%
map_dbl(~msm::rpexp(n = 1, rate = .x$hazard, t = .x$start))
df <- df %>% left_join(df_surv)
#> Joining, by = "id"
df <- df %>%
mutate(status = 1L * (time <= stop)) %>%
filter(start <= time)
df %>% head()
#> id start stop rx hazard time status
#> 1 1 0 6 A 0.01110900 13.78217 0
#> 2 1 6 12 C 0.04978707 13.78217 0
#> 3 1 12 18 B 0.04978707 13.78217 1
#> 4 2 0 6 B 0.04978707 22.37251 0
#> 5 2 6 12 B 0.04978707 22.37251 0
#> 6 2 12 18 C 0.04978707 22.37251 0
# fit the model
model <- coxph(Surv(start, stop, status)~rx, data = df)
# define pairwise comparison
glht_rx <- multcomp::glht(model, linfct=multcomp::mcp(rx="Tukey"))
glht_rx
#>
#> General Linear Hypotheses
#>
#> Multiple Comparisons of Means: Tukey Contrasts
#>
#>
#> Linear Hypotheses:
#> Estimate
#> B - A == 0 1.68722
#> C - A == 0 1.60902
#> C - B == 0 -0.07819
# perform multiple comparisons
# (adjusts for multiple comparisons + takes into account correlation of coefficients -> more power than e.g. bonferroni)
smry_rx <- summary(glht_rx)
smry_rx # -> B and C different to A, but not from each other
#>
#> Simultaneous Tests for General Linear Hypotheses
#>
#> Multiple Comparisons of Means: Tukey Contrasts
#>
#>
#> Fit: coxph(formula = Surv(start, stop, status) ~ rx, data = df)
#>
#> Linear Hypotheses:
#> Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
#> B - A == 0 1.68722 0.28315 5.959 <1e-05 ***
#> C - A == 0 1.60902 0.28405 5.665 <1e-05 ***
#> C - B == 0 -0.07819 0.16509 -0.474 0.88
#> ---
#> Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
#> (Adjusted p values reported -- single-step method)
# confidence intervals
plot(smry_rx)
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