多個序列的漢明距離矩陣

Question

我有一個帶有ID和相應DNA序列的FASTA文件，我已將其解析並存儲到字典中。 我現在需要編寫一個Python程序來計算所有序列的成對漢明距離矩陣。

到目前為止，我已經嘗試在字典的所有值上運行for循環並檢查每個字符但是沒有正確實現漢明距離或返回矩陣。

Answer 1

嘗試使用sklearn軟件包，它具有計算具有指定距離度量的成對距離的功能。 你可以在這里找到這個功能： https ： //scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.metrics.pairwise_distances.html 。