將一個變量與 r 中的多個變量相關聯

Question

我需要將一個基因與 47,000 個其他基因相關聯，以找到 10 條最佳相關曲線。 通常，我的數據框在第一列中包含基因名稱，在下一列中包含患者數據，在第一行中包含基因名稱。 我是否需要轉置數據框來進行相關測試？ 如果我轉置，它可以工作，但我相信有一種更簡單的方法可以做到這一點。 有人可以幫助我嗎？

pancreas_final <- read_delim("path", delim = "\t")
pancreas_final_t <- t(pancreas_final[,-1])
pancreas_final_t <- as.data.frame(pancreas_final_t)
names(pancreas_final_t) <- pancreas_final$X1
class(pancreas_final_t)
View(pancreas_final_t)

vec_cor <- cor(pancreas_final_t$CAMP, pancreas_final_t)
df_cor <- data_frame(gene = attributes(vec_cor)$dimnames[[2]], cor = c(vec_cor))
str(df_cor)

library(tidyverse)

df_cor %>%
  arrange(cor)

df_cor %>%
  arrange(desc(cor)) %>% 
  head(n = 10)

Answer 1

如果要計算基因之間的相關性（數據框中的行），則需要轉置數據框，嘗試使用此方法來計算基因之間的相關性

correlation_btw_genes = cor(pancreas_final_t)

如果您不轉置您的 dataframe cor() function 將計算您的患者之間的相關性