如何從Python運行“dot”作為命令？

Question

我在Mac OSX Leopard上使用Python。

我試圖從Python運行程序'dot'（Graphviz的一部分）：

# -*- coding: utf-8 -*-
import os

print os.environ['PATH']
print os.system("ls >> a.txt")
print os.system("dot -o9.png -Tpng ./6.dot")

命令“ls”只是為了確保python在正確的目錄中。 它是。 我得到的結果是：

/ usr / bin：/ bin：/ usr / sbin：/ sbin 0 32512

我的理解是32512錯誤意味着python找不到文件，因為文件6.dot就在那里（如果我從終端運行“dot -o9.png -Tpng ./6.dot”我收到沒有錯誤，和9.png得到），我假設Python找不到點文件。

我可能需要將點文件添加到路徑中。 但我不知道它在哪里。 如果我跑：

whereis dot

我沒有回答。

我怎樣才能找到點可執行文件？
或者，我可以將Python程序作為Python內部的命令運行嗎？

Answer 1

whereis位於手冊頁， which位於二進制文件。 所以試試which dot 。

Answer 2

您需要在Python環境中添加“dot”可執行文件的路徑。 您可以通過修改os.environ中的PATH變量來完成此操作

Answer 3

嘗試這個：

# -*- coding: utf-8 -*-
import os
import sys

print os.environ['PATH']

os.environ['PATH'] += ":"+"/usr/local/bin"
print os.environ['PATH']

print os.getcwd()

from subprocess import check_call
print check_call(["dot", "-o9.png", "-Tpng", "./6.dot"])

從這個問題出發，嘗試在這里保持某種理智。

Answer 4

故障排除提示

A.添加

print os.getcwd()

在os.system之前的行（“dot等”

只是為了確保當前目錄是6.dot文件的目錄。

B.確保dot程序在您的路徑中。

which dot

C.在os.system命令中使用dot程序的完整路徑，看看會發生什么。

Answer 5

兩個建議

1. 不要使用PATH，而是使用“which”來代替只找到可執行文件
2. 你不要用“;” （分號）分隔路徑，但是“：”（冒號）。 一旦你改變它，它應該能夠找到你的點程序。

改變這個

os.environ['PATH'] += ";"+"/usr/local/bin/dot"

對此

os.environ['PATH'] += ":"+"/usr/local/bin"

然后你的好。

編輯：請注意，我忘了從PATH變量中刪除/ dot（oops） - PATH是以冒號分隔的目錄列表。

Answer 6

如果你也用Python生成你的Dot文件， pydot會以更Pythonic的方式做你想要的：

import pydot
dot = pydot.Dot()
n1, n2 = pydot.Node("a"), pydot.Node("b")
dot.add_node(n1)
dot.add_node(n2)
dot.add_edge(pydot.Edge(n1,n2))
dot.write_png("graph.png", prog='neato')

Answer 7

通常解決方案在我們面前，

print os.system("/usr/local/bin/dot -o9.png -Tpng 6.dot")

您還可以嘗試指定文件夾中的所有點

import glob
for filedot in glob.glob('*.dot')
    print os.system("/usr/local/bin/dot -o9.png -Tpng %(filedot)s"%locals())
    #print os.system("/usr/local/bin/dot -o9.png -Tpng %s"%filedot)

編輯：

我不記得順便說一下

/usr/local/bin/dot -o9.png -Tpng fdot.dot

要么

/usr/local/bin/dot -o 9.png -Tpng fdot.dot

Answer 8

您應該更改PATH行，使其包含包含dot的目錄。 該目錄是/usr/local/bin ，沒有/dot 。

Answer 9

代替：

print os.system("dot -o9.png -Tpng ./6.dot")

嘗試這個：

from subprocess import check_call
print check_call("dot -o9.png -Tpng ./6.dot")

如果點程序的退出狀態為0，則打印狀態。 如果dot返回非零狀態，則會引發CalledProcessError（並顯示返回狀態）。 如果當前路徑中不存在dot，則在Linux上引發OSError或在Windows上引發WindowsErroor（我不知道在Mac OS下引發了哪個異常，但我認為是OSError）。

編輯：如果在當前路徑設置中沒有點可執行文件或6.dot文件，上面的代碼將為您提供提示。

Answer 10

check_call不使用與os.system相同的語法，因此您應該嘗試以這種方式更改相應的行：

print check_call(["dot", "-o9.png", "-Tpng", "./6.dot"])

可執行文件名是數組中的第一項，每個參數必須位於數組的另一個項中。 否則，您將始終收到“No such file”錯誤，因為PATH中沒有名為“dot -o9.png ...”的可執行文件。

Answer 11

一個問題在於這一行：

os.environ['PATH'] += ":"+"/usr/local/bin/dot"

您不會將可執行文件的名稱放在路徑中，而是包含可執行文件的目錄。 那應該是：

os.environ['PATH'] += ":"+"/usr/local/bin"

正如另一條評論所指出的， check_call的參數與check_call os.system 。

Answer 12

如果您使用的是諸如Spyder的GUI，那么您只需將正確的bin路徑添加到PYTHONPATH manager選項菜單中即可。

通過在終端中執行此操作來搜索腳本位置：

which programname

然后取該位置（無論它在哪里），減去程序名，例如：

/home/username/seiscomp3/bin/scart
#this is the section of the path that you use
/home/username/seiscomp3/bin

然后進入PYTHONPATH manager選項菜單並添加此路徑。 然后重啟Spyder，它會工作。