使用層次聚類制作一個簡單的樹狀圖

Question

我有一個簡單的距離矩陣：

I tried making my own distance matrix:

 distances=matrix(c(0,  6.32,  11.3,     1,    10,  5.66,  4.24,
           6.32,     0,  6.32,  6.08,     6,  2.83,  3.16,
           11.3,  6.32,     0,  10.6,     2,  5.66,  7.07,
           1,  6.08,  10.6,     0,  9.22,     5,  3.61,
           10,     6,     2,  9.22,     0,  4.47,  5.83,
           5.66,  2.83,  5.66,     5,  4.47,     0,  1.41,
           4.24,  3.16,  7.07,  3.61,  5.83,  1.41,     0),nrow=7,   ncol=7, byrow = TRUE)

But this doesn't cluster

    > hc <- hclust(distances)
Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

我想創建一個基於測量簇之間最小距離的樹狀圖。 最終產品如下所示：

有任何想法嗎？ 幫助將不勝感激！

Answer 1

hclust 的輸入需要a dissimilarity structure as produced by 'dist' ，使用矩陣，您可以將其轉換為 'dist' 對象，然后 hclust 和繪圖：

plot(hclust(as.dist(distances)))