R 中的負二項式回歸使用 brm 在使用多個內核時導致錯誤

Question

我正在使用來自brms package 的brm function 計算負二項式回歸。 由於這需要相當長的時間，我想按照文檔中的建議使用多個內核。

bfit_s <- brm(
  dep_var ~ ind_var +
    var1 +
    var2 +
    (1 | some_level1) + (1 | some_level2),
  data = my_df,
  family = negbinomial(link = "log", link_shape = "log"),
  cores = 4,
  control = list(adapt_delta = 0.999)
)

但是，我遇到了一個錯誤，說所有四個工作人員的連接都失敗了：

Compiling the C++ model

Start sampling
starting worker pid=11603 on localhost:11447 at 14:13:56.193
starting worker pid=11601 on localhost:11447 at 14:13:56.193
starting worker pid=11602 on localhost:11447 at 14:13:56.198
starting worker pid=11604 on localhost:11447 at 14:13:56.201
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> -> slaveLoop -> makeSOCKmaster
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> -> slaveLoop -> makeSOCKmaster
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> -> slaveLoop -> makeSOCKmaster
Execution halted
Execution halted
Execution halted
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection
Calls: <Anonymous> -> slaveLoop -> makeSOCKmaster
Execution halted

回溯顯示Error in makePSOCKcluster(names = spec, ...): Cluster setup failed. 4 of 4 workers failed to connect. Error in makePSOCKcluster(names = spec, ...): Cluster setup failed. 4 of 4 workers failed to connect.

我試圖理解這個問題，閱讀了一些關於 SO 這樣的問題，但無法弄清楚為什么我無法連接。 我正在使用 macOS Mojave，問題不在於我嘗試使用比可能更多的內核。 關於如何讓它在多個核心上運行的任何建議？

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編輯：正如 sjp 在他的回答中指出的那樣，RStudio 存在問題。 我想我在我的問題中分享了解決問題的代碼，所以每個偶然發現的人都可以解決這個問題，而無需進一步點擊（和閱讀）。

問題是來自 R-4.0.0 的parallel package。 - 但是這個stan 論壇的用戶提供了一種解決方法。 如果您可以像這樣使用setup_strategy="sequential"初始化集群：

cl <- parallel::makeCluster(2, setup_strategy = "sequential") 

您可以在~/.Rprofile中添加一個簡短的片段來使這種默認設置：

## WORKAROUND: https://github.com/rstudio/rstudio/issues/6692
## Revert to 'sequential' setup of PSOCK cluster in RStudio Console on macOS and R 4.0.0
if (Sys.getenv("RSTUDIO") == "1" && !nzchar(Sys.getenv("RSTUDIO_TERM")) && 
    Sys.info()["sysname"] == "Darwin" && getRversion() == "4.0.0") {
  parallel:::setDefaultClusterOptions(setup_strategy = "sequential")
}

Answer 1

這是一個與 RStudio 相關的已知問題。 查看 Stan 論壇和 Github 上的這些相關帖子。

Github： https://github.com/rstudio/rstudio/issues/6692

斯坦論壇： https://discourse.mc-stan.org/t/r-4-0-0-and-cran-macos-binaries/13989/13