相關矩陣添加調整后 p 值的附加列

Question

按照此鏈接： http://www.sthda.com/english/wiki/correlation-matrix-formatting-and-visualization 。

library(Hmisc)
flattenCorrMatrix <- function(cormat, pmat) {
               ut <- upper.tri(cormat)
               data.frame(
               row = rownames(cormat)[row(cormat)[ut]],
               column = rownames(cormat)[col(cormat)[ut]],
               cor  =(cormat)[ut],
               p = pmat[ut]
               )
               }

mydata <- mtcars[, c(1:7)]
res<-rcorr(as.matrix(mydata))
flattenCorrMatrix(res$r, res$P)

有什么辦法可以添加一個額外的列與 p.adjusted 與 Bonferroni 校正平方的行的長度。

Answer 1

一種方法：添加附加行

 flattenCorrMatrix <- function(cormat, pmat) {
 ut <- upper.tri(cormat)
 p = pmat[ut]
 data.frame(
 row = rownames(cormat)[row(cormat)[ut]],
 column = rownames(cormat)[col(cormat)[ut]],
 cor =(cormat)[ut],
 p = p,
 p.adjust=p.adjust(p, method = p.adjust.methods, n = length(p))
 )
 }

替代方案：使用 Corr.test，對於對稱矩陣，它會自動調整 p 值。